如何根据R中的p值从摘要数据中提取SNP列表？

Question

我有一个 GWAS数据摘要结果，该结果具有以下信息，并希望根据R中的p值提取前120个SNP的列表。数据具有以下七个标题：

SNPName    n_samplesize    A1Allele    A2Allele    beta     SE      p_value

通过dplyr发送的代码：

    library(dplyr)
    dat <- read.csv(file.choose(MetaAnalysis_Results))
    dat2 <- dat %>% arrange("p_value")

排序时发生错误

更新： 将.csv转换为.txt文件后，这对我有用

    attach(MetaAnalysis_Results)
    mydata <- MetaAnalysis_Results
    new <- mydata[order(p_value),]

Answer 1

最简单的方法是使用dplyr。如果不存在，请安装

install.packages("dplyr")

    library(dplyr)
    dat <- read.csv(file.choose())

    #Make sure the data is imported
    head(dat)

    dat <- dat %>% arrange("p_values")
    dat2 <- dat[1:120,]
    write.csv(dat2)