如何在Kernlab的ksvm stringdot函数中添加通配符

Question

我想使用软件包kernlab中的stringdot函数通过其SVM函数ksvm对DNA序列进行分类。问题是，stringdot似乎本身不支持通配符（即“ N”）。是否可以编写自定义版本的stringdot或另一个支持通配符匹配（即'N'匹配所有内容）并且效率相同的内核？

例如...

library(kernlab)
library(Biostrings)
start_time <- Sys.time()

# Make training and validation data
dna <- DNAStringSet( c("CATG", "CATC", "CNNN", "GTAC", "GTAC", "GTAG") )
new <- DNAStringSet( c("CATG", "CATC", "CNNN", "GNNN", "GNNN", "GNNN") )
grp <- factor( c(1, 1, 1, 2, 2, 2) )

# Model and prediction
mod <- ksvm( as.list(dna), grp, type="C-svc", kernel="stringdot", 
             kpar=list( length=4, type="spectrum" ), 
             C=5, cross=0, prob.model=F )
pre <- predict( mod, as.list(new) )

# Print stuff
end_time <- Sys.time()
print( end_time - start_time )
print( grp == pre )

应具有100％的预测准确性：

[1]  TRUE  TRUE  TRUE TRUE TRUE TRUE

但是由于将Ns视为不匹配，因此得出：

[1]  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE

有没有办法解决这个问题并保持类似的效率？

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谢谢！