我正在使用'indicspecies'程序包-multipatt函数，并且无法提取该程序包的摘要值。不幸的是，我无法打印所有摘要，并为我的模型留下了公正的信息。原因是摘要中需要打印大量数据（300.000个不同物种，3个组，6个可比较的组合）。
保存摘要（包括预编码）会发生以下情况：
x <- multipatt(data, ...)
sumx <-summary(x)
sumx
NULL
str(sumx)
NULL
因此，摘要不能完全像一般摘要一样工作。似乎该函数基于'labdsv'包中的旧indval函数（在文档中已提到）。我找到了一个讨论了类似问题的存档线程：http://r.789695.n4.nabble.com/extract-values-from-summary-of-function-indval-of-the-package-labdsv-td4637466.html
，但似乎无法解决（并且不是完全相同的功能，而是基本功能indval）。
我想知道是否有人对indicspecies软件包有经验，并且知道一种从摘要中提取信息的方法。
可以从模型中的其他已保存数据中提取重要性和其他信息，但是最好从数据中快速获得一个完整的概述。
ps。我尝试过
options(max.print=1000000)
但是这并不能解决我的问题。
答案 0 :(得分：0)
我对此程序包没有任何经验，并且由于您没有提供数据，因此很难复制。但是由于summary返回的是NULL，因此您确定x的计算正确吗？检查object.size或class或x的其他内容，看它是否确实有任何内容。
同样，您可以使用summary(x)来访问其插槽（而不是同时访问@的所有内容）（类似于数据帧中的$）。
如果您需要进一步的帮助，最好至少提供一小部分子集或其他示例数据，以便社区可以使用。
答案 1 :(得分：0)
我过去常常捕获summary对象的multipatt输出，但是不再使用，因为报告的p值并未针对多次测试进行校正。要回答OP的问题，您可以使用capture.output
例如
dat.multipatt.summary<-capture.output(summary(dat.multipatt, indvalcomp=TRUE))
同样，我不建议这样做。校正多次测试的p值非常重要，因此summary输出实际上没有帮助。要清楚，?multipatt指出：
“签署具有最佳匹配模式，关联值和关联的统计显着性程度（即，来自置换检验的p值）的结果的数据表。请注意，p值并未针对多个测试。”
上发布了有关如何更正p值的答案。