Question

我正在尝试将无头imageJ库连接到我的python应用程序。不幸的是，依赖项错误列表层出不穷，我现在陷入了涉及导入名为jnius的Java包装程序的导入错误。

到目前为止，我已经安装了：使用更新的pip的wheel，imagej，cython，imglyb，pyjnius模块。由于在两者之间触发了“无法确定JDK_HOME”，因此我遵循了将环境变量列表更新到我的路径（用户路径和系统路径）的明显规则。在这之间，pyjnius报告了"Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with "Microsoft Visual C++ Build Tools"，我安装了该文件（容量为5.63 GB），还安装了“ VCForPython27”。

import os
print(os.environ.get('JAVA_HOME'))
print(os.environ.get('JDK_HOME'))

这两个命令都提供以下输出：

C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2; C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2\bin;C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2\bin\server

现在我可以在代码中导入imageJ了，但是当我尝试使用它的第一个功能时

ij = imagej.init('C:\\Users\\Documents\\ImageJ_Fiji\ImageJ-win64.exe')

我收到与import scyjava相关的以下错误："Unable to import scyjava dependency jnius."，当我尝试运行pip install jnius --user时，我得到了相同的旧错误：“无法确定JDK_HOME'”，这似乎令人困惑因为我已经成功安装了pyjnius，并且pip install scyjava --user的输出可以满足所有要求。

我不再使用conda环境（因为它使我非常困惑），我的python版本是3.7.2，我的操作系统是Windows10。我使用的编辑器是PyCharm。我已经从oracle网站安装了最新的JDK和JRE。

参考：Jnius installation bug, "Unable to determine JDK_HOME" jnius 1.1 import error

Answer 1

已在image.sc论坛上讨论了pyimagej的安装，例如in this topic。

此外，scyjava（#5和#7）和pyimagej（#21）中目前存在一些未解决的问题/PR。

据我了解，在Python中安装imagej的推荐方法是使用conda，因为使用conda activate imagej激活环境将为依赖项设置所需的环境变量。

对于其他问题，我建议在image.sc forum上提问。

Answer 2

安装Java (JDK)，Maven和python软件包Cython，pyjnius，scyjava，imglyb和pyimagej时，需要满足一些工作条件。

1）环境变量window.history.pushState({action : 'myAction'}, document.title, '?action=myAction'); checkQueryString();指向JDK目录。

在您的情况下，JAVA_HOME。我认为冗余（* / bin，JDK_HOME等）应该不会受到损害。

2）环境变量C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2包含JDK二进制文件和Maven二进制文件的目录。

例如对于Java，它是Path。在安装或编译pyjnius时，您可能需要它们。

3）Hava C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2\bin位于某处，并设置环境变量pyjnius.jar指向它，以便PYJNIUS_JAR可以找到它。

错误“未找到pyjnius JAR”和“无法导入scyjava依赖项jnius”。对应于此步骤。因此，您可能会错过（未记录的）步骤（3）。

如果您正在使用scyjava，则步骤（3）当前自动完成。否则，您需要在某个地方分别下载conda。请参阅讨论here。请注意，在没有pyjnius.jar的情况下，python模块pyjnius.jar仍然可以运行，但是以某种方式jnius仍需要该jar文件。

在python中使用imagej时导入模块jnius出错

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