Question

我有要在bash脚本中运行500次的代码（尽管目前我一直坚持要在bash中针对自己想要的内容进行for循环，所以我想我可以通过python自动制作更大的bash脚本）。但是，我希望其中一部分随着500次迭代的进行更改-我有一个文件“ individual1”，该文件需要随每一行增加（因此，individual1，individual2，individual3等）

目前在python中，我已经简单地完成了：

x  = 'plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract snps.txt
--recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam individual1.txt'

text = ((x+'\n')*500)    

f = open("bash.txt", "r")
out = open("outfile.bg", "w")
for line in f:
    out.write("DBPH" + 1)
out.close()
print(text)
f.close()

尽管我知道此for循环根本不正确，但是从尝试从此处的类似问题中学习之后，我仍然不确定下一步该如何获取它。

文本文件中的输出如下所示：

plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract snps.txt
--recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam individual1.txt

plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract snps.txt
--recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam individual2.txt

所以我得到了personal1，individual2等。任何帮助/指导将不胜感激。

Answer 1

这是一个小脚本，用于在运行脚本的目录中输出该文件。

x  = 'plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract snps.txt --recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam '

times_written = 1

out = open("outfile.bg", "w")
while times_written - 1 < 500:
    out.write(F"{x}individual{times_written}.txt\n")
    times_written += 1
out.close()

此块将产生如下输出：

plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract snps.txt
--recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam individual1.txt
plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract snps.txt
--recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam individual2.txt

此代码将执行相同的操作，但中间有一个空格：

x  = 'plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract 
snps.txt --recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam '

times_written = 1

out = open("outfile.bg", "w")
while times_written - 1 < 500:
    out.write(F"{x}individual{times_written}.txt\n\n")
    times_written += 1
out.close()

这将产生如下输出：

plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract snps.txt
--recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam individual1.txt

plink --bed chr${ID}.bed --bim chr${ID}.bim --fam chr${ID}.fam --extract snps.txt
--recode vcf-iid --out output${indiv}chr${ID}vcf --keep-fam individual2.txt

编码愉快。另外，这里还有一个有关Python文件I / O https://www.tutorialspoint.com/python3/python_files_io.htm的有用信息的链接。

如何在python文本文件中的每一行中增加字符串中的数字？

1 个答案: