ggplot将颜色代码列与R数据帧中的另一列匹配

Question

我有一个简单的数据框，形式为：

x    y    tissue    color_code
1    2    nerve     #EEEE00
2    3    brain     #33CCCC

每个组织有数千行。每个组织的颜色代码都相同（例如，所有带有神经的行的颜色代码都为＃EEEE00，等等）

我想使用相应的颜色代码对y和x以及组织的颜色进行简单的线图绘制。

到目前为止，我的代码看起来像这样

ggplot(df,aes(x=x,y=y,color=tissue))+
   geom_point()+
   scale_color_manual(values=df$color_code)

但是，颜色最终都是相同的颜色。

最好的方法是什么？

谢谢！

Answer 1

如果您的颜色来自数据框中的另一列，则可能会导致事情无法按正确的顺序进行，就像我按原样运行您的代码时那样。组织将以某种顺序映射到颜色，如果已经是因子，则基于因子水平；如果不是，则按照字母顺序。但是df$color_code只是颜色的向量，并且将按照它们出现的顺序分配颜色。因此，按照您的代码原样，由于此顺序之间的不匹配，我将淡黄色放置为“大脑”而不是“神经”。

这也可能无法很好地缩放-例如，您对“大脑”有两个观察结果，这意味着您要将“大脑”颜色（蓝绿色）两次放入调色板中。

我要做的是使用数据创建一个命名的颜色矢量，每种颜色发生一次。名称表示您的颜色将与正确的类别匹配，而与顺序无关。

我还添加了一些观察结果。

library(dplyr)
library(ggplot2)

df <- tribble(
  ~x,  ~y,  ~tissue,  ~color_code,
   1,   2,   "nerve",  "#EEEE00",
   2,   3,   "brain",  "#33CCCC",
   3,   2.5, "other",  "#DD55AA",
   4,   1,   "nerve",  "#EEEE00"
)

colors <- distinct(df, tissue, color_code)
pal <- colors$color_code
names(pal) <- colors$tissue
pal
#>     nerve     brain     other 
#> "#EEEE00" "#33CCCC" "#DD55AA"

ggplot(df, aes(x = x, y = y, color = tissue)) +
  geom_point() +
  scale_color_manual(values = pal)

^{由reprex package（v0.2.1）于2019-03-15创建}