我有一个实验,该实验被设计为6个块,每个块4个地块,具有两种处理方式(W_add和P_add)以及处理方式和控制方式的组合。数据是在9个战役中进行的流量测量。
我想看看随着时间的推移,这些处理是否对通量有显着影响。
这是我的代码:
library(nlme)
library(car)
setwd("[...]")
data<-read.csv("season_flux.csv")
flux = data$CO2_NEE #CO2_ER, CO2_NEE, GEP, or CH4
model = lme(flux ~ W_add * P_add * DOY, random = ~1|block/plot,
corr = corGaus (form = ~DOY|block/plot, nugget = TRUE),
data = data, na.action = na.omit, method = "REML")
contrasts(data$W_add) <- contr.sum
contrasts(data$P_add) <- contr.sum
Anova <- Anova(model, type = "III", test.statistic = "F")
summary(Anova)
print(Anova)
这是我的数据的头
DOE DOY plot type CO2_ER CO2_NEE GEP CH4 W_add P_add
1 0.4831486 179 25 D 4.615219 NA -0.1560684 -2.4904458 NW NP
2 0.4885537 179 25 L NA 4.459151 NA NA NW NP
3 0.4948533 179 26 D 4.178014 NA -1.3169272 -0.9756073 W NP
4 0.5003533 179 26 L NA 2.861087 NA NA W NP
5 0.5069753 179 27 D 3.524708 NA -0.9260853 -1.2356268 NW P
6 0.5123025 179 27 L NA 2.598623 NA NA NW P
treatment block PAR soil_moist soil_T_2 soil_T_5
1 C 1 NA 21.80000 4.6 3.0
2 C 1 206.2 21.80000 4.6 3.0
3 W 1 NA 32.13333 4.2 3.2
4 W 1 278.8 32.13333 4.2 3.2
5 P 1 NA 26.93333 4.2 2.6
6 P 1 303.4 26.93333 4.2 2.6
我收到以下错误:
Error in lme.formula(flux ~ W_add * P_add * DOY, random = ~1 | block/plot, :
nlminb problem, convergence error code = 1
message = singular convergence (7)
使用CO2_NE以外的流量或使用其他相关性不会发生该错误。如果删除数据的最后一行,也不会发生此错误,如下所示:
68.70536503,246,48,L,,2.27190302873568,,,W,NP,W,6,450.2,17.0333333333333,9.2,7.1
为什么会这样?
非常感谢!
编辑:我发现将其发布在Cross Validated上更为合适。这是我的问题https://stats.stackexchange.com/questions/397378/r-singular-convergence-in-mixed-effect-model
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