Question

我有一个实验，该实验被设计为6个块，每个块4个地块，具有两种处理方式（W_add和P_add）以及处理方式和控制方式的组合。数据是在9个战役中进行的流量测量。

我想看看随着时间的推移，这些处理是否对通量有显着影响。

这是我的代码：

library(nlme)
library(car)

setwd("[...]")

data<-read.csv("season_flux.csv")

flux = data$CO2_NEE #CO2_ER, CO2_NEE, GEP, or CH4

model = lme(flux ~ W_add * P_add * DOY, random = ~1|block/plot, 
                     corr = corGaus (form = ~DOY|block/plot, nugget = TRUE), 
                     data = data, na.action = na.omit, method = "REML")

contrasts(data$W_add) <- contr.sum
contrasts(data$P_add) <- contr.sum

Anova <- Anova(model, type = "III", test.statistic = "F")
summary(Anova)
print(Anova)

这是我的数据的头

  DOE       DOY   plot type CO2_ER  CO2_NEE        GEP        CH4   W_add  P_add
1 0.4831486 179   25    D 4.615219       NA -0.1560684 -2.4904458    NW    NP
2 0.4885537 179   25    L       NA 4.459151         NA         NA    NW    NP
3 0.4948533 179   26    D 4.178014       NA -1.3169272 -0.9756073     W    NP
4 0.5003533 179   26    L       NA 2.861087         NA         NA     W    NP
5 0.5069753 179   27    D 3.524708       NA -0.9260853 -1.2356268    NW     P
6 0.5123025 179   27    L       NA 2.598623         NA         NA    NW     P
  treatment block   PAR soil_moist soil_T_2 soil_T_5
1         C     1    NA   21.80000      4.6      3.0
2         C     1 206.2   21.80000      4.6      3.0
3         W     1    NA   32.13333      4.2      3.2
4         W     1 278.8   32.13333      4.2      3.2
5         P     1    NA   26.93333      4.2      2.6
6         P     1 303.4   26.93333      4.2      2.6

我收到以下错误：

Error in lme.formula(flux ~ W_add * P_add * DOY, random = ~1 | block/plot,  :
  nlminb problem, convergence error code = 1
  message = singular convergence (7)

使用CO2_NE以外的流量或使用其他相关性不会发生该错误。如果删除数据的最后一行，也不会发生此错误，如下所示：

68.70536503,246,48,L,,2.27190302873568,,,W,NP,W,6,450.2,17.0333333333333,9.2,7.1

为什么会这样？

非常感谢！

编辑：我发现将其发布在Cross Validated上更为合适。这是我的问题https://stats.stackexchange.com/questions/397378/r-singular-convergence-in-mixed-effect-model

的链接

R：混合效应模型中的奇异收敛

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