将值设置为CellVariable

时间:2019-03-09 15:22:30

标签: python fipy

我具有以下功能:

def setupSinkGrid_(self, sinkCoords,mesh,x,y,z,patchSize=1)   :
        sinkGrid = CellVariable(name="source", mesh=mesh, value=0)
        sinkGrid.setValue(0.)

        for pos,v in sinkCoords.iteritems():
            sinkGrid.setValue(v, where=(z > pos[0]-patchSize) & (z < pos[0]+patchSize) & (y > pos[1]-patchSize) & (y < pos[1]+patchSize) & (x > pos[2]-patchSize) & (x < pos[2]+patchSize))

        return sinkGrid

其中mesh,x,y和z先前定义为:

 mesh=Grid3D(dx=dx,dy=dy,nx=nx,ny=ny, dz=dz, nz=nz)

 phi=CellVariable(name="solutionvariable",mesh=mesh,value=0.)

 x, y, z = mesh.cellCenters

sinkCoords是一个坐标到值的字典。例如:{(1,2,3) => 4}表示1,2,3处的值为4。

想法是将每个这样的坐标映射到sinkGrid上。

问题出在我调试时,我发现每个接收器值都映射到“接近”实际目标的多个位置。循环的第一个迭代(pos = <type 'tuple'>: (16, 16, 2))之后,我得到:

[np.unravel_index(i,(20,20,20)) for i,x in enumerate(list(sinkGrid)) if x > 0]

返回值为8的8个不同索引的值。

0 = {tuple} <type 'tuple'>: (15, 15, 1)
1 = {tuple} <type 'tuple'>: (15, 15, 2)
2 = {tuple} <type 'tuple'>: (15, 16, 1)
3 = {tuple} <type 'tuple'>: (15, 16, 2)
4 = {tuple} <type 'tuple'>: (16, 15, 1)
5 = {tuple} <type 'tuple'>: (16, 15, 2)
6 = {tuple} <type 'tuple'>: (16, 16, 1)
7 = {tuple} <type 'tuple'>: (16, 16, 2)

我的观察是,这些总是“较低”的坐标,但是:

1)为什么只是在某些邻居上?那为什么我没有满满的摩尔呢?

2)为什么只在至少一维较低的邻居上?

3)是什么原因造成的?只是一些路由错误。如果是这样,我应该使用patchSize-k还是类似的东西?

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

问题在于xyz是像元中心的坐标,分别位于((0.5,0.5,0.5),(1.5,0.5, 0.5),...)。

(16, 16, 2) +/- 1然后将包含以下单元格:

(15.5, 15.5, 1.5)
(15.5, 15.5, 2.5)
(15.5, 16.5, 1.5)
(15.5, 16.5, 2.5)
(16.5, 15.5, 1.5)
(16.5, 15.5, 2.5)
(16.5, 16.5, 1.5)
(16.5, 16.5, 2.5)

您有两种选择:

  1. 与单元格中心相对应的sinkCoords供应(15.5, 15.5, 1.5
  2. patchSize限制为单元格尺寸的一半

无论如何,第2项可能是一个好主意。

您需要确保您要进行会计核算或整个范围,例如(z > pos[0]-patchSize) & (z <= pos[0]+patchSize),否则很有可能找不到任何单元格。