RMark时变协变量

时间:2019-03-07 19:04:23

标签: r rmark

我是Rmark的新手,过去几周一直在探索论坛和手册,试图使代码适应我的需求,但收效甚微。

我正在Rmark中使用已知的命运模型来尝试将植被协变量(在1到70天的过程中)与个体的生存率关联(我很好奇某些植被特征是否会影响生存率)。

目前,我的数据设置如下(我显示的是一个非常简写的形式,实际数据有70行,每个人一行-并且包含更多列用于其他协变量。

ch表示已知的命运字符串。与70天的期限有关,它的长度为140个字符(格式:观察,命运)。 g.1,f.1,s.1是我的协变量,其中字母(即“ g”)代表变量,而#(即1)代表变量的时间(天#)。因此,g.1代表第一天的草,f.2代表第二天的草,以此类推。这些列从g.1,f.1,s.1一直到g.70,f.70,s。 70从阅读论坛来看,这似乎是格式化它的最佳方法,因为每个人都需要它自己的内容。

有些人在整个70天内都具有值,但是,大多数人只有头几天的数据,因为他们无法生存很长时间(我们仅在个人还活着的情况下才记录数据)。因此,如果一个人仅存活了3天,我将获得g.1,f.1,s.1到g.3,f.3,s.3的值,但是g.4,f.4,s。从4到g.70,f.70,s.70都将包含NA(我确信这将是一个问题,因为我必须删除NA才能运行与非时变协变量相关的生存模型)。

我已经成功地为非随时间变化的协变量(即权重)运行了生存模型,但是我不确定如何通过时间问题解决这一植被问题。我有标准的已知命运Rmark代码(例如“ blackduck”示例)

library(RMark)

f.processed=process.data(df,model="Known")

f.ddl=make.design.data(f.processed)

run.fdata=function()
{

  Example model:  S.time = list(formula=~time)
****Need to know how to format model for veg data over time***

  model.list=create.model.list("Known")
  f.results=mark.wrapper(model.list,data=f.processed,ddl=f.ddl,
                            invisible=FALSE,threads=2)

  return(f.results)
}
f.results=run.fdata()
f.results

出于我的目的,所有小鹿都在同一天(即1)开始,但在不同天(取决于它们是否存活)结束,最长不超过70天。我知道[i]是错误的,但我想测试以下模型:

S.grass = list(formula=~g.[i])
S.forb = list(formula=~f.[i])
S.grass.plus.forb = list(formula=g.[i] + f.[i])

将显示草,草,草+草等与生存的关系。也许如果一个人拥有更多的草,他们就更有可能生存。抑或Forb的增加意味着生存的减少(沿着这种思路的事情)。

我将不胜感激,对您寻求帮助的任何建议或什至建议。我已经下载了一些Rmark手册/帮助指南,但仍然无法弄清。

谢谢您的帮助! -Grad学生在监视器上扑着头

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