Question

我有3个向量，其中包含超过1500个字符串元素，我希望将它们成对比较以输出它们之间匹配元素的数量。

减少我的数据标题：

va <- c("6a460daf68eb0410b51d79e495fbccc7", "e1b32017108e17e41bdabc44bac4df3c", "6ac1327da92d8584008db04b4eaf62d0", "b01a2322e2ca99315646d79cf157cb20", "12dadc27059ea5d3c8cc54e9a28cc4f6", "be73c9685b743a646f2eb0480eee2f8d")
vb <- c("6a460daf68eb0410b51d79e495fbccc7", "e1b32017108e17e41bdabc44bac4df3c","JQ183785.1.1345", "DQ794886.1.1390", "HQ791014.1.1450", "EU764755.1.1328")
vc <- c("6a460daf68eb0410b51d79e495fbccc7", "JQ183785.1.1345", "DQ794886.1.1390", "HQ791014.1.1450", "b01a2322e2ca99315646d79cf157cb20", "EF532786.1.1364")

我制作了一个函数，用于输出两个向量之间的重合元素数量：

sharing <- function(v1, v2, share=TRUE){
  if(isTRUE(share)){sh <- length(v1[ v1 %in% v2])}
  else if (isFALSE(share)){sh <- length(v1[ ! v1 %in% v2])}
  return(sh)
}

因此，将此函数应用9次（每次成对比较（包括自我比较）一次），我将获得9个具有共享元素的数字：

> sharing(va,va); sharing(va,vb); sharing(va,vc)
[1] 6
[1] 2
[1] 2
> sharing(vb,va); sharing(vb,vb); sharing(vb,vc)
[1] 2
[1] 6
[1] 4
> sharing(vc,va); sharing(vc,vb); sharing(vc,vc)
[1] 2
[1] 4
[1] 6

但是我想以此作为矩阵：

    va   vb   vc
va   6    2    2
vb   2    6    4
vc   2    4    6

是否有任何预制的函数或代码可以做到这一点？

感谢您的帮助！

Answer 1

一个选项是outer，将sharing函数应用于vector（'lst1'）中list的成对组合

lst1 <- mget(paste0("v", letters[1:3])) # placed the vectors in a list
out <- outer(lst1, lst1, FUN = Vectorize(sharing)) #apply the sharing
dimnames(out) <- list(names(lst1), names(lst1)) # set the dim names

将函数应用于多个向量，并将成对比较输出到矩阵

1 个答案: