Question

我有一个Fasta文件 input.fa ，如下所示：

>KJH325_Org_name_strain
ANNTTHWQLPMCVREEDFSC
>IJA254.1_Org_name
HITYYPQLKSSCMART
>ASDL658_Org_name_str
TTILPQWYERSAASMNCFGHDKLCC
and so on.

我想使用PHP将这些短序列输入到Mysql表中，以使KJH325（即，第一个下划线'_'之后的ID）进入ID列，而其余的Org_name or Org_name_strain进入进入组织名称列，下一行中的简短序列进入序列列。我已经尝试过了：

<?php
$servername = "localhost";
$dbname = "shortseqdb";

// Create connection
$conn = mysqli_connect($servername, $dbname);

// Check connection
if (!$conn) {
    die("Connection failed: " . mysqli_connect_error());
}
echo "Connected successfully\n\n";

$fasta_file = 'input.fa';
$header='';
$id = '';
$org_name = '';

$lines = file($fasta_file) or die("Unable to open file!");

foreach ($lines as $line) {
   $header = strpos($line, '>'); <---- UPDATED
   if ($header!==false) {
      $key = trim(substr($line, 0, $header));
      $value = trim(substr($line, $header+1));
        list($id, $org_name) = explode("_",$key);


            $sql = "INSERT INTO `seqs` (`ID`, `org_name`, `sequence`) VALUES ($id, $org_name, $value)";
    }
}

if (mysqli_query($conn, $sql)) {
    echo "Values inserted successfully in the table seqs\n";
} else {
    echo "Error inserting values: " . mysqli_error($conn);
}
mysqli_close($conn);

?>

连接成功，但是出现以下错误：

连接成功

注意：未定义的偏移量：第26行的C：\ xampp \ htdocs \ test.php中的1

插入值时出错：未选择数据库

有人可以帮助我该脚本在哪里出错？谢谢！

Answer 1

我发现问题出在用户名和密码上。我在同一数据库中查看了XAMPP的特权，结果我也必须指定用户名和密码。

$servername = "localhost";
$username = "root";
$password = "";
$dbname = "shortseqdb";
// Create connection
$conn = mysqli_connect($servername, $dbname);

// Check connection
if (!$conn) {
    die("Connection failed: " . mysqli_connect_error());
}
echo "Connected successfully\n\n";
// select a db
mysqli_select_db($conn,"shortseqdb") or die("Could not select the specified database");

并使用mysqli_db_connect($connect,dbname)选择指定的数据库。然后效果很好。

感谢您的评论。

使用PHP解析Fasta文件

1 个答案: