无法解析FASTA文件中的序列

时间：2013-07-29 23:54:05

标签： python bioinformatics fasta

如何从序列中删除'>gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA gene and ITS1 and ITS2 DNA\n'等ID？

我有这段代码：

with open('sequence.fasta', 'r') as f :
    while True:
        line1=f.readline()
        line2=f.readline()
        line3=f.readline()
        if not line3:
            break
        fct([line1[i:i+100] for i in range(0, len(line1), 100)])
        fct([line2[i:i+100] for i in range(0, len(line2), 100)])
        fct([line3[i:i+100] for i in range(0, len(line3), 100)])

输出：

['>gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA gene and ITS1 and ITS2 DNA\n']
['CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGGAATAAACGATCGAGTG\n']
['AATCCGGAGGACCGGTGTACTCAGCTCACCGGGGGCATTGCTCCCGTGGTGACCCTGATTTGTTGTTGGG\n']
['CCGCCTCGGGAGCGTCCATGGCGGGTTTGAACCTCTAGCCCGGCGCAGTTTGGGCGCCAAGCCATATGAA\n']
['AGCATCACCGGCGAATGGCATTGTCTTCCCCAAAACCCGGAGCGGCGGCGTGCTGTCGCGTGCCCAATGA\n']
['ATTTTGATGACTCTCGCAAACGGGAATCTTGGCTCTTTGCATCGGATGGAAGGACGCAGCGAAATGCGAT\n']
['AAGTGGTGTGAATTGCAAGATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCCATCA\n']
['GGCTAAGGGCACGCCTGCTTGGGCGTCGCGCTTCGTCTCTCTCCTGCCAATGCTTGCCCGGCATACAGCC\n']
['AGGCCGGCGTGGTGCGGATGTGAAAGATTGGCCCCTTGTGCCTAGGTGCGGCGGGTCCAAGAGCTGGTGT\n']
['TTTGATGGCCCGGAACCCGGCAAGAGGTGGACGGATGCTGGCAGCAGCTGCCGTGCGAATCCCCCATGTT\n']
['GTCGTGCTTGTCGGACAGGCAGGAGAACCCTTCCGAACCCCAATGGAGGGCGGTTGACCGCCATTCGGAT\n']
['GTGACCCCAGGTCAGGCGGGGGCACCCGCTGAGTTTACGC\n']
['\n']
...

我的功能是：

def fct(input_string):
    code={"a":0,"c":1,"g":2,"t":3}
    p=[code[i] for i in input_string]
    n=len(input_string)
    c=0

    for i, n in enumerate(range(n, 0, -1)):
        c +=p[i]*(4**(n-1))
        return c+1

fct()返回字符串中的整数。例如，ACT给出8 即：我的函数必须采用输入字符串序列仅包含以下基数A，C，G，T

但是当我使用我的功能时，它会给出：

KeyError: '>gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA gene and ITS1 and ITS2 DNA\n'

我尝试通过剥离行以>开头并将其余部分写入文本文件来删除ID，因此，我的文本文件output.txt只包含没有ID的序列，但是当我使用我的函数时 fct 我发现了同样的错误：

KeyError: 'CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGGAATAAACGATCGAGTG\n'

我该怎么办？

1 个答案:

答案 0 :(得分：4)

我在你的代码中看到两个主要问题：你在解析FASTA序列时遇到问题，而你的函数没有正确迭代每个序列。

解析FASTA数据

我建议使用优秀的Biopython套餐吗？它内置了极好的FASTA支持（阅读和写作）（参见Sequences中的Tutorial）。

解析FASTA文件中的序列：

for seq_record in SeqIO.parse("seqs.fasta", "fasta"):
    print record.description  # gi|2765658|emb|Z78533.1...
    print record.seq  # a Seq object, call str() to get a simple string

>>> print record.id
'gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533'

>>> print record.description
'gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA gene and ITS1 and ITS2 DNA'

>>> print record.seq
Seq('CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGG...CGC', SingleLetterAlphabet())

>>> print str(record.seq)
'CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACC'  #(truncated)

迭代序列数据

在您的代码中，您有一个传递给fct()的字符串列表（input_string实际上不是字符串，而是字符串列表）。解决方案就是构建一个输入字符串，然后迭代它。

fct中的其他错误：

  • 您需要将密钥大写到您的字典：案例事项
  • 你应该在 for循环之后使用return语句。保持嵌套意味着立即返回c。
  • 为什么在迭代序列时只能索引到p时，是否需要构建code？
  • 您在n循环中使用它作为变量名称来编写序列的长度（for）

修改后的代码（具有正确的PEP 8格式），并且重命名的变量更清楚它们的意思（仍然不知道c应该是什么）：

from Bio import SeqIO


def dna_seq_score(dna_seq):
    nucleotide_code = {"A": 0, "C": 1, "G": 2, "T": 3}

    c = 0 
    for i, k in enumerate(range(len(dna_seq), 0, -1)):
        nucleotide = dna_seq[i]
        code_num = nucleotide_code[nucleotide]
        c += code_num * (4 ** (k - 1)) 
    return c + 1 


for record in SeqIO.parse("test.fasta", "fasta"):
    dna_seq_score(record.seq)
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