使用GRanges时将UpSet交会图移至Mb

时间:2019-03-01 10:43:11

标签: r intersection bioconductor

我想将UpSetR的示例与GRanges一起使用。它工作正常。但是,将更多信息显示在Mb而非bp中。

library(circlize)
library(GenomicRanges)
lt2 = lapply(1:4, function(i) generateRandomBed())
lt2 = lapply(lt2, function(df) GRanges(seqnames = df[, 1], 
    ranges = IRanges(df[, 2], df[, 3])))
names(lt2) = letters[1:4]
m = make_comb_mat(lt2)
set_size(m)
UpSet(m)

我试图修改m对象和Granges来实现这一点,但是我没有成功。

width(lt2) <- width(lt2)/1000000
  

width<-*tmp*中的错误,值= new(“ CompressedNumericList”,   elementType =“ numeric”,:替换“值”不是   具有与'x'相同的elementNROWS的IntegerList

set_size(m) <- set_size(m)/1000000
  

set_size(m)<-set_size(m)/ 1e + 06中的错误:找不到函数   “ set_size <-”

有什么想法可以完成吗?

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