从jupyter docker堆栈在docker中安装%% R细胞魔术

时间:2019-02-26 17:13:15

标签: docker jupyter-notebook ipython rpy2

我尝试从泊坞窗堆栈安装datascience jupyter docker image(标签45b8529a6bfc,最新更新为2019年2月14日)。我的整个dockerfile:

FROM jupyter/datascience-notebook:45b8529a6bfc
USER $NB_UID

当我打开带有R内核的新Jupyter笔记本时,该笔记本可以正常工作。当我在ipython笔记本中尝试%% R细胞魔术时,它不起作用:

%%R
3+4
UsageError: Cell magic `%%R` not found.

我徘徊在各种stackoverflow答案和Internet搜索上,尝试安装rpy2(已安装)。没用。

建议?

2 个答案:

答案 0 :(得分:0)

在尝试使用jupyter扩展之前,先加载它:

%load_ext rpy2.ipython

答案 1 :(得分:0)

我按照@lgautier的建议尝试了%load_ext rpy2.ipython,并收到了错误消息No module named 'simplegeneric'。一旦我安装了simplegeneric,便可以正常工作,并且不需要load_ext语句。

不知道为什么dockerfile不安装simplegeneric,但是在那里。