GLM模型中成对多重比较中的重复效应

Question

我想知道GLM模型中成对多重比较的区别和解释。

如果我需要考虑模型中的重复。

请参阅下面的示例：

首先，我创建一些变量

set.seed(123)
d<-NULL
N<-54
d$Production <- rgamma(N,10)
d$Feature <- ifelse(d$Production >7 & d$Production<10, c("A"),ifelse(d$Production>11, 
c("B"), c("C")))
d$Feature<-sort(d$Feature)  
#d$Temp<-rnorm(N,20,5)
d$Temp<-rep(1:3,18)
d$Rep<-sort(rep(1:3,18),decreasing=TRUE)
d<-as.data.frame(d)
#

第二，我进行成对的多重比较而不重复：

# Gamma glm model and pair-wise comparison without repetition 
m1<- glm(Production ~ Feature + Temp, family= Gamma, data = d)
cld(glht(m1, linfct = mcp(Feature = "Tukey")),decreasing=TRUE) 
#
  A   B   C 
"a" "a" "a" 

第三，我考虑重复：

# Gamma glm model and pair-wise comparison with repetition 
m2<- glm(Production ~ Feature + Temp + Rep, family= Gamma, data = d)
cld(glht(m2, linfct = mcp(Feature = "Tukey")),decreasing=TRUE)
# 
  A   B   C 
"a" "ab" "b" 

我的问题是，如果这个决定改变了结果，正确的统计方法是什么？

预先感谢