我正在尝试使用EBI-RDF sparql endpoint提取每个给定GO ID（节点）的所有父代，我基于this two类似的问题来制定查询，此处有两个例子说明了这个问题：
示例1 （Link to the structure）：
biological_process (GO:0008150)
|__ metabolic process (GO:0008152)
|__ methylation (GO:0032259)
在此示例中，使用以下查询：
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dbpedia2: <http://dbpedia.org/property/>
PREFIX dbpedia: <http://dbpedia.org/>
PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
SELECT (count(?mid) as ?depth)
(group_concat(distinct ?midId ; separator = " / ") AS ?treePath)
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go>
WHERE {
obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
?mid rdfs:subClassOf* ?class .
?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?treePath
ORDER BY ?depth
我获得了预期的结果，没有任何问题：
c | treePath
--|-------------------------------------
6 | GO:0008150 / GO:0008152 / GO:0032259
但是当该术语在多个分支（例如GO:0007267）中存在时（如以下情况），前一种方法不起作用：
示例2 （Link to the structure）
biological_process (GO:0008150)
|__ cellular_process (GO:0009987)
| |__ cell communication (GO:0007154)
| |__ cell-cell signaling (GO:0007267)
|
|__ signaling (GO:0023052)
|__ cell-cell signaling (GO:0007267)
结果：
c | treePath
--|---------------------------------------------------------------
15| GO:0007154 / GO:0007267 / GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0023052
我想要得到的是以下内容：
GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0007154 / GO:0007267
GO:0008150 / GO:0023052 / GO:0007267
我了解到，在幕后，我正在计算每个级别的深度并使用它来构造路径，当我们有一个仅属于一个分支的元素时，这种方法可以很好地工作。
SELECT (count(?mid) as ?depth) ?midId
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go>
WHERE {
obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
?mid rdfs:subClassOf* ?class .
?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?midId
ORDER BY ?depth
结果：
depth | midId
------|------------
1 | GO:0008150
2 | GO:0008152
3 | GO:0032259
在第二个示例中，一切都错了，我不知道为什么，无论如何，我可以确定问题的一部分是具有相同深度/级别的术语，但我不知道该怎么做我解决了。
depth | midId
------|------------
2 | GO:0008150
2 | GO:0009987
2 | GO:0023052
3 | GO:0007154
6 | GO:0007267
答案 0 :(得分：1)
感谢@AKSW，我发现了一个使用HyperGraphQL（用于在网络上查询和提供链接数据的GraphQL接口）的不错的解决方案。
我将在此处保留详细答案，这可能会对某人有所帮助。
我使用的config.json文件：
{
"name": "ebi-hgql",
"schema": "ebischema.graphql",
"server": {
"port": 8081,
"graphql": "/graphql",
"graphiql": "/graphiql"
},
"services": [
{
"id": "ebi-sparql",
"type": "SPARQLEndpointService",
"url": "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql",
"graph": "http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go",
"user": "",
"password": ""
}
]
}
这是我的ebischema.graphql文件的样子（因为我只需要Class，id，label和subClassOf）：
type __Context {
Class: _@href(iri: "http://www.w3.org/2002/07/owl#Class")
id: _@href(iri: "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id")
label: _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label")
subClassOf: _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf")
}
type Class @service(id:"ebi-sparql") {
id: [String] @service(id:"ebi-sparql")
label: [String] @service(id:"ebi-sparql")
subClassOf: [Class] @service(id:"ebi-sparql")
}
我开始测试一些简单的查询，但是不断得到空的响应。 this issue的答案解决了我的问题。
最后，我构造了查询以获取树
使用此查询：
{
Class_GET_BY_ID(uris:[
"http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
"http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
id
label
subClassOf {
id
label
subClassOf {
id
label
}
}
}
}
我得到了一些有趣的结果：
{
"extensions": {},
"data": {
"@context": {
"_type": "@type",
"_id": "@id",
"id": "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id",
"label": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label",
"Class_GET_BY_ID": "http://hypergraphql.org/query/Class_GET_BY_ID",
"subClassOf": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf"
},
"Class_GET_BY_ID": [
{
"id": [
"GO:0032259"
],
"label": [
"methylation"
],
"subClassOf": [
{
"id": [
"GO:0008152"
],
"label": [
"metabolic process"
],
"subClassOf": [
{
"id": [
"GO:0008150"
],
"label": [
"biological_process"
]
}
]
}
]
},
{
"id": [
"GO:0007267"
],
"label": [
"cell-cell signaling"
],
"subClassOf": [
{
"id": [
"GO:0007154"
],
"label": [
"cell communication"
],
"subClassOf": [
{
"id": [
"GO:0009987"
],
"label": [
"cellular process"
]
}
]
},
{
"id": [
"GO:0023052"
],
"label": [
"signaling"
],
"subClassOf": [
{
"id": [
"GO:0008150"
],
"label": [
"biological_process"
]
}
]
}
]
}
]
},
"errors": []
}
编辑
这正是我想要的，但是我注意到我无法添加这样的另一个子级别：
{
Class_GET_BY_ID(uris:[
"http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
"http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
id
label
subClassOf {
id
label
subClassOf {
id
label
subClassOf { # <--- 4th sublevel
id
label
}
}
}
}
}
我创建了一个新问题：Endpoint returned Content-Type: text/html which is not recognized for SELECT queries