Question

我正在尝试使用EBI-RDF sparql endpoint提取每个给定GO ID（节点）的所有父代，我基于this two类似的问题来制定查询，此处有两个例子说明了这个问题：

biological_process (GO:0008150)
           |__ metabolic process (GO:0008152)
                           |__ methylation (GO:0032259)

在此示例中，使用以下查询：

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dbpedia2: <http://dbpedia.org/property/>
PREFIX dbpedia: <http://dbpedia.org/>
PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT (count(?mid) as ?depth)
       (group_concat(distinct ?midId ; separator = " / ") AS ?treePath) 
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go> 
WHERE {
    obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
    ?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?treePath
ORDER BY ?depth

我获得了预期的结果，没有任何问题：

c |              treePath
--|-------------------------------------
6 | GO:0008150 / GO:0008152 / GO:0032259

但是当该术语在多个分支（例如GO:0007267）中存在时（如以下情况），前一种方法不起作用：

示例2 （Link to the structure）

biological_process (GO:0008150)
           |__ cellular_process (GO:0009987)
           |           |__ cell communication (GO:0007154)
           |                       |__ cell-cell signaling (GO:0007267)
           |
           |__ signaling (GO:0023052)
                      |__ cell-cell signaling (GO:0007267)

结果：

c |                            treePath
--|---------------------------------------------------------------
15| GO:0007154 / GO:0007267 / GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0023052

我想要得到的是以下内容：

GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0007154 / GO:0007267
GO:0008150 / GO:0023052 / GO:0007267

我了解到，在幕后，我正在计算每个级别的深度并使用它来构造路径，当我们有一个仅属于一个分支的元素时，这种方法可以很好地工作。

SELECT (count(?mid) as ?depth) ?midId
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go> 
WHERE {
    obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
    ?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?midId
ORDER BY ?depth

结果：

depth |   midId
------|------------
1     | GO:0008150
2     | GO:0008152
3     | GO:0032259

在第二个示例中，一切都错了，我不知道为什么，无论如何，我可以确定问题的一部分是具有相同深度/级别的术语，但我不知道该怎么做我解决了。

depth |   midId
------|------------
2     | GO:0008150
2     | GO:0009987
2     | GO:0023052
3     | GO:0007154
6     | GO:0007267

Answer 1

感谢@AKSW，我发现了一个使用HyperGraphQL（用于在网络上查询和提供链接数据的GraphQL接口）的不错的解决方案。

我将在此处保留详细答案，这可能会对某人有所帮助。

我下载并设置了HyperGraphQL download page

按照this tutorial

所述将其链接到EBI Sparql端点

我使用的config.json文件：

{
    "name": "ebi-hgql",
    "schema": "ebischema.graphql",
    "server": {
        "port": 8081,
        "graphql": "/graphql",
        "graphiql": "/graphiql"
    },
    "services": [
        {
            "id": "ebi-sparql",
            "type": "SPARQLEndpointService",
            "url": "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql",
            "graph": "http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go",
            "user": "",
            "password": ""
        }
    ]
}

这是我的ebischema.graphql文件的样子（因为我只需要Class，id，label和subClassOf）：

type __Context {
    Class:          _@href(iri: "http://www.w3.org/2002/07/owl#Class")
    id:             _@href(iri: "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id")
    label:          _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label")
    subClassOf:     _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf")
}

type Class @service(id:"ebi-sparql") {
    id: [String] @service(id:"ebi-sparql")
    label: [String] @service(id:"ebi-sparql")
    subClassOf: [Class] @service(id:"ebi-sparql")
}

我开始测试一些简单的查询，但是不断得到空的响应。 this issue的答案解决了我的问题。

最后，我构造了查询以获取树

使用此查询：

{
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
      }
    }
  }
}

我得到了一些有趣的结果：

{
  "extensions": {},
  "data": {
    "@context": {
      "_type": "@type",
      "_id": "@id",
      "id": "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id",
      "label": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label",
      "Class_GET_BY_ID": "http://hypergraphql.org/query/Class_GET_BY_ID",
      "subClassOf": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf"
    },
    "Class_GET_BY_ID": [
      {
        "id": [
          "GO:0032259"
        ],
        "label": [
          "methylation"
        ],
        "subClassOf": [
          {
            "id": [
              "GO:0008152"
            ],
            "label": [
              "metabolic process"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0008150"
                ],
                "label": [
                  "biological_process"
                ]
              }
            ]
          }
        ]
      },
      {
        "id": [
          "GO:0007267"
        ],
        "label": [
          "cell-cell signaling"
        ],
        "subClassOf": [
          {
            "id": [
              "GO:0007154"
            ],
            "label": [
              "cell communication"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0009987"
                ],
                "label": [
                  "cellular process"
                ]
              }
            ]
          },
          {
            "id": [
              "GO:0023052"
            ],
            "label": [
              "signaling"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0008150"
                ],
                "label": [
                  "biological_process"
                ]
              }
            ]
          }
        ]
      }
    ]
  },
  "errors": []
}

编辑

这正是我想要的，但是我注意到我无法添加这样的另一个子级别：

{
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
        subClassOf {  # <--- 4th sublevel
          id
          label
        }
      }
    }
  }
}

我创建了一个新问题：Endpoint returned Content-Type: text/html which is not recognized for SELECT queries

提取给定节点的所有父代

1 个答案: