使用包含“ Nan”的数据帧计算特征向量

时间:2019-02-16 07:28:55

标签: python pandas pca

我有这样的数据

    a          b          c        d
a   1.32549   0.184661    NaN      0.0896751
b   0.184661  1.29026     NaN      0.156959
c   NaN       NaN         NaN       NaN
d   0.0896751 0.156959    NaN      1.22511

我要执行主成分分析。我收到这样的错误

   in _assertFinite raise LinAlgError("Array must not contain infs or 
   NaNs") numpy.linalg.linalg.LinAlgError: Array must not contain infs or 
   NaNs

我正在尝试用替换功能替换NaN,但是它没有被替换。

import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.read_csv('CHR1.txt', sep="\t", header=None)
rho = df.corr()
rho.replace('NaN', 0)
import plotly.plotly as py
eig_vals, eig_vecs = np.linalg.eig(rho)

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