terms.formula(公式,“条件”,数据=数据)中的错误:ExtractVars中的模型公式无效

时间:2019-02-15 15:31:54

标签: r

我正在尝试使用纯素食包进行CCA,但在尝试创建部分cca模型时收到错误消息。

我正在执行http://rfunctions.blogspot.com/2016/11/canonical-correspondence-analysis-cca.html中所示的CCA,但是当我尝试执行部分cca模型时,收到一条错误消息: ## CCA IN R USING VEGAN PACKAGE ## require(vegan) #import data spe <- read.delim("spe.txt", header=T) spatial <- read.delim("spatial.txt", header=T) env <- read.delim("env.txt", header=T) #apply log+1 spelog <- decostand(spe[,-1], "log") #Performe CCA ccamodel <- cca(spe[,-1]~.,env[,-1], scale=T) #To perform a Partial CCA, it is necessary to use a condition matrix #Combine both matrixes envspatial <- cbind(env,spatial) nams <- names(envspatial) rownames(envspatial) <- envspatial$Code partialccamodel <- formula(paste("spe ~", paste(nams[1: (length(envspatial)-(length(spatial)) )], collapse = " + "),"+ Condition(", paste(nams[(length(envspatial)-(length(spatial)-1) ):length(envspatial)], collapse ="+"),")")) partialccmodel <- cca(partialccamodel, envspatial)

起初,我遇到错误“ rowSums(X)中的错误:'x'必须是数字”,但是我能够使用代码rownames(matrix)<-matrix $ names解决此问题。

您知道我需要知道些什么才能克服此错误吗?

min

我希望它能起作用,所以我可以走得更远,然后再做CCA的最终模型,但是我不能再走了,错误消息

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