我正在尝试使用纯素食包进行CCA,但在尝试创建部分cca模型时收到错误消息。
我正在执行http://rfunctions.blogspot.com/2016/11/canonical-correspondence-analysis-cca.html中所示的CCA,但是当我尝试执行部分cca模型时,收到一条错误消息: ## CCA IN R USING VEGAN PACKAGE ##
require(vegan)
#import data
spe <- read.delim("spe.txt", header=T)
spatial <- read.delim("spatial.txt", header=T)
env <- read.delim("env.txt", header=T)
#apply log+1
spelog <- decostand(spe[,-1], "log")
#Performe CCA
ccamodel <- cca(spe[,-1]~.,env[,-1], scale=T)
#To perform a Partial CCA, it is necessary to use a condition matrix
#Combine both matrixes
envspatial <- cbind(env,spatial)
nams <- names(envspatial)
rownames(envspatial) <- envspatial$Code
partialccamodel <- formula(paste("spe ~", paste(nams[1: (length(envspatial)-(length(spatial)) )], collapse = " + "),"+ Condition(", paste(nams[(length(envspatial)-(length(spatial)-1) ):length(envspatial)], collapse ="+"),")"))
partialccmodel <- cca(partialccamodel, envspatial)
起初,我遇到错误“ rowSums(X)中的错误:'x'必须是数字”,但是我能够使用代码rownames(matrix)<-matrix $ names解决此问题。
您知道我需要知道些什么才能克服此错误吗?
min
我希望它能起作用,所以我可以走得更远,然后再做CCA的最终模型,但是我不能再走了,错误消息