将评估的nifti面罩映射到地面真实面罩

Question

我有一个nifti.nii格式的掩码文件。其中具有一个boolean 3d数组，其中包含相连的组件。邮件头中还带有affine转换矩阵，其中包含一些附加信息。

我还有另一个dicom格式的蒙版。这也是一个3D阵列。

我想做的是通过将nifti掩码重叠到dicom掩码上来计算骰子得分。 但是，由于nifti蒙版和dicom蒙版处于不同的坐标系中，并且像素间距也不同，因此在计算骰子得分之前必须对齐它们。为此，我正在使用simpleITK。贝娄是我的代码

transform = sitk.CenteredTransformInitializer(ref_dicom_series, 
                                              nifti_mask, 
                                              sitk.Euler3DTransform(),
                               sitk.CenteredTransformInitializerFilter.GEOMETRY)

resampledMask = sitk.Resample(nifti_mask,

                             ref_dicom_series,
                               transform, 
                               sitk.sitkNearestNeighbor,
                               0.0, #out of bounds pixel color
                               nifti_mask.GetPixelID())

重新采样后，重新采样的蒙版具有相同的原点和间距。 但是，当我通过覆盖重采样和dicom蒙版绘制冠状，轴向和矢状切片时，可见它们没有重叠。

所以我的问题是如何实现目标。代码示例将不胜感激。 谢谢