使用venn.diagram包的面积比例维恩图

Question

我在另一个封闭的线程中读到注释，可以使用R中的venn.diagram包创建面积比例的维恩图。

我将代码修改为适合我的数据（基因列表），但是圆圈的面积与数据向量的长度无关。

有解决此问题的建议吗？

谢谢！ 代码并在下面输出。

代码示例

venn.diagram(x = list(G015_All, G08_Female, G015_Male),
                 na = "remove",
                 category.names = c("G015_All", "G08_Female", "G015_Male"),
                 fill = c('lightyellow', 'paleturquoise', 'lightgreen'),
                 alpha = c(0.5, 0.5, 0.5),
                 cex = 2,
                 cat.fontface = 4,
                 lty =2,
                 fontfamily =3,
                 filename = "VennPlot.png",
                 imagetype = "png",
                 output = T)

输出

Answer 1

有几个R软件包可以做到这一点，每个软件包都有不同的方法。我自己尝试nVennR绘制比例圆，该比例圆被图中的线包围。您可以阅读vignette，以获取有关如何使用它的示例。还有一个web server，最多可容纳六组。 我试图重现您作为示例显示的图表。我必须手动输入设置的尺寸，但是该图也可以像您的示例一样从列表中生成（如插图所示）：

> library(nVennR)
> myV <- createVennObj(nSets = 3, sNames = c("G015_All", "G08_Female", "G015_Male"), sSizes = c(0, 7, 5212, 35, 1, 0, 2, 37))
> myV <- plotVenn(nVennObj = myV, setColors=c('yellow', 'turquoise', 'green')) 

结果：

几件事。首先，我改变了颜色。 nVennR使用不透明度来混合颜色，因此默认情况下会获得较暗的颜色。其次，小套的形状并不完美。这与填充圆圈的算法有关，并且仅在极少数情况下才会发生，例如组大小的极端不平衡。