Question

除了limma包之外，还有用于在R中进行维恩图的其他包。

有人有提示吗？

这里有一些notes on doing Venn diagrams与limma包。

Answer 1

维恩图包装清单：

Answer 2

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("graph", "RBGL", "gtools", "xtable"))
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

Venn diagram

Answer 3

如果你需要创建4/5套的维恩图，gplots包中的venn函数也很有用。

Answer 4

我使用了两个自定义函数。我对venndia的实现绘制了维恩图并返回A和B（和C）之间重叠的列表。请参阅下面的代码。

有了这些，你可以

vd <- venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20], getdata=TRUE)

将绘制并返回数据。您可以通过执行

关闭返回数据

venndia(A=LETTERS[1:15], B=LETTERS[5:20])

因为默认情况下getdata为FALSE。 /丹尼尔

circle <- function(x, y, r, ...) {
    ang <- seq(0, 2*pi, length = 100)
    xx <- x + r * cos(ang)
    yy <- y + r * sin(ang)
    polygon(xx, yy, ...)
}

venndia <- function(A, B, C, getdata=FALSE, ...){
    cMissing <- missing(C)
    if(cMissing){ C <- c() }

    unionAB <- union(A, B)
    unionAC <- union(A, C)
    unionBC <- union(B, C)
    uniqueA <- setdiff(A, unionBC)
    uniqueB <- setdiff(B, unionAC)
    uniqueC <- setdiff(C, unionAB)
    intersAB <- setdiff(intersect(A, B), C)
    intersAC <- setdiff(intersect(A, C), B)
    intersBC <- setdiff(intersect(B, C), A)
    intersABC <- intersect(intersect(A, B), intersect(B, C))

    nA <- length(uniqueA)   
    nB <- length(uniqueB)
    nC <- length(uniqueC)

    nAB <- length(intersAB)
    nAC <- length(intersAC)
    nBC <- length(intersBC)

    nABC <- length(intersABC)   

    par(mar=c(2, 2, 0, 0))
    plot(-10, -10, ylim=c(0, 9), xlim=c(0, 9), axes=FALSE, ...)
    circle(x=3, y=6, r=3, col=rgb(1,0,0,.5), border=NA)
    circle(x=6, y=6, r=3, col=rgb(0,.5,.1,.5), border=NA)
    circle(x=4.5, y=3, r=3, col=rgb(0,0,1,.5), border=NA)

    text( x=c(1.2, 7.7, 4.5), y=c(7.8, 7.8, 0.8), c("A", "B", "C"), cex=3, col="gray90" )

    text(
        x=c(2, 7, 4.5, 4.5, 3, 6, 4.5), 
        y=c(7, 7, 2  , 7  , 4, 4, 5), 
        c(nA, nB, nC, nAB, nAC, nBC, nABC), 
        cex=2
    )

    if(getdata){
        list(A=uniqueA, B=uniqueB, C=uniqueC, 
            AB=intersAB , AC=intersAC , BC=intersBC , 
            ABC=intersABC
        )
    }
}

Answer 5

Duncan Murdoch has a venn package，不在CRAN上。（hat tip to Gabor Grothendieck）

您还可以阅读in the "Journal of Statistical Software"。

Answer 6

这种情况很晚，但对于寻找答案的其他人来说可能会有用： VennDiagram，关于CRAN here。

它允许多组（维恩四组，欧拉图三组），可自定义的颜色和字体，简单的语法和最好的圆圈大小与数据集的大小成正比（至少当比较2个数据集）。要安装：

install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)

对于那些使用bioconductor包并使用基因组坐标的人来说，最近vennDiagram在implemented包（版本2.5.12）中是ChIPpeakAnno并且允许基因组坐标的相当交叉，例如Chip- seq峰值。对于早期采用者，您可能需要安装development package。

peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704),
    end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")),
    space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1),feature=c("a","b","f"))

peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,2496700,3075866,3123260),
    end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470),
    names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")),
    space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","b","c","d","a"))

makeVennDiagram(RangedDataList(peaks1,peaks2, peaks1, peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2","TF3", "TF4"),
     totalTest=100,useFeature=TRUE, main="Venn Diagram",
    col = "transparent",fill = c("cornflowerblue", "green", "yellow", "darkorchid1"),
    alpha = 0.50,label.col = c("orange", "white", "darkorchid4", "white", "white", "white", "white", "white", "darkblue", "white", "white", "white", "white", "darkgreen", "white"), cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "darkorchid4"))

Answer 7

以下是对3变量数据的另一个版本的引用： http://elliotnoma.wordpress.com/2011/02/09/venn-diagram/

该代码也可以在colorfulVennPlot包中找到： http://cran.r-project.org/web/packages/colorfulVennPlot/index.html

Answer 8

我会推荐VennDiagram包： http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf

在第19页，您将找到10个很好的例子（高级和简化的例子）。到目前为止，我还没有找到任何它无法做到的事情，我需要这样做。

维恩图用R？

8 个答案: