根据python / pandas数据框中的单元格文本内容选择一个(未索引)列

时间:2019-02-12 16:02:34

标签: python pandas dataframe

TL:DR-如何基于包含特定文本的列,从现有非索引数据框中的一个或多个列创建一个数据框/系列?

Python和数据分析相对较新,并且(这是我第一次在Stack Overflow上发布问题,但是我一直在寻找答案很长时间(并且习惯于定期编写代码),但是没有成功。 / p>

我从一个没有命名/索引列的Excel文件中导入了数据框。我正在尝试从近2000个文件中成功提取数据,这些文件的数据列稍有不同(当然-为什么要使其简单...或遵循模板...或仅使用格式较差的Excel电子表格以外的其他内容)。 ..)。

原始数据帧(来自结构不良的XLS文件)看起来像这样:

0                                       NaN             RIGHT      NaN   
1                                      Date              UCVA      Sph   
2                       2007-01-13 00:00:00              6/38  [-2.00]   
3                       2009-11-05 00:00:00               6/9      NaN   
4                       2009-11-18 00:00:00              6/12      NaN   
5                       2009-12-14 00:00:00               6/9  [-1.25]   
6                       2018-04-24 00:00:00           worn CL  [-5.50]   

           3     4      5                 6     7     8        9   \
0         NaN   NaN    NaN               NaN   NaN   NaN      NaN   
1         Cyl  Axis  BSCVA  Pentacam remarks    K1    K2  K2 back   
2     [-2.75]    65    6/9               NaN   NaN   NaN      NaN   
3         NaN   NaN    NaN               NaN   NaN   NaN      NaN   
4         NaN   NaN    6/5         Pentacam     46  43.9     -6.6   
5     [-5.75]    60  6/6-1               NaN   NaN   NaN      NaN   
6     [+7.00}   170  6/7.5               NaN   NaN   NaN      NaN   

           ...              17                18    19    20       21     22  \
0          ...             NaN               NaN   NaN   NaN      NaN    NaN   
1          ...           BSCVA  Pentacam remarks    K1    K2  K2 back  K max   
2          ...             6/5               NaN   NaN   NaN      NaN    NaN   
3          ...             NaN               NaN   NaN   NaN      NaN    NaN   
4          ...             NaN          Pentacam  44.3  43.7     -6.2   45.5   
5          ...           6/4-4               NaN   NaN   NaN      NaN    NaN   
6          ...             6/5               NaN   NaN   NaN      NaN    NaN   

我想提取一组数据框/系列,然后将它们组合在一起以得到一个“整洁”的数据框,例如:

1                                      Date              R-UCVA      R-Sph   
2                       2007-01-13 00:00:00              6/38  [-2.00]   
3                       2009-11-05 00:00:00               6/9      NaN   
4                       2009-11-18 00:00:00              6/12      NaN   
5                       2009-12-14 00:00:00               6/9  [-1.25]   
6                       2018-04-24 00:00:00           worn CL  [-5.50]   

1       R-Cyl R-Axis R-BSCVA  R-Penta          R-K1   R-K2  R-K2 back   
2     [-2.75]    65    6/9               NaN   NaN   NaN      NaN   
3         NaN   NaN    NaN               NaN   NaN   NaN      NaN   
4         NaN   NaN    6/5         Pentacam     46  43.9     -6.6   
5     [-5.75]    60  6/6-1               NaN   NaN   NaN      NaN   
6     [+7.00}   170  6/7.5               NaN   NaN   NaN      NaN  

等等。因此,我尝试编写一些代码,这些代码将通过查找单词“ Date”或“ UCVA”等来拉出我定义的一系列列。然后,我计划将它们缝合在一起,从而形成一个患者标识符作为额外的列。然后循环浏览所有XLS文件,将全部文件添加到一个CSV文件中,然后我就可以做一些有用的事情(例如放入Access数据库中-是的,我知道,但是它必须易于使用并且已经安装在NHS计算机上-和统计分析。

有什么建议吗?我希望有足够的信息。

非常感谢。

亲切的问候 薇姬

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

这里希望可以帮助您入门。 我已经准备好一个text.xlsx文件: Excel file 我可以阅读以下内容

    path = 'text.xlsx'

    df = pd.read_excel(path, header=[0,1])

    # Deal with two levels of headers, here I just join them together crudely 
    df.columns = df.columns.map(lambda h: '  '.join(h))

    # Slight hack because I messed with the column names
    # I create two dataframes, one with the first column, one with the second column
    df1 = df[[df.columns[0],df.columns[1]]]
    df2 = df[[df.columns[0], df.columns[2]]]

    # Stacking them on top of each other
    result = pd.concat([df1, df2])
    print(result)

    #Merging them on the Date column
    result = pd.merge(left=df1, right=df2, on=df1.columns[0])
    print(result)

这给出了输出

  RIGHT  Sph RIGHT  UCVA       Unnamed: 0_level_0  Date
0        NaN              6/38      2007-01-13 00:00:00
1        NaN              6/37      2009-11-05 00:00:00
2        NaN              9/56      2009-11-18 00:00:00
0    [-2.00]               NaN      2007-01-13 00:00:00
1        NaN               NaN      2009-11-05 00:00:00
2        NaN               NaN      2009-11-18 00:00:00

  Unnamed: 0_level_0  Date RIGHT  UCVA       RIGHT  Sph
0      2007-01-13 00:00:00              6/38    [-2.00]
1      2009-11-05 00:00:00              6/37        NaN
2      2009-11-18 00:00:00              9/56        NaN

一些指针: 如何合并两个标题行?请参阅this问答。

如何有条件地选择熊猫列?参见例如thisthis

如何合并数据框?大熊猫doc

中有很好的指南