我有一个多组学数据列表,其中包含三行基因/蛋白质/细胞矩阵,以及列中的个人样本。这三个矩阵共享相同的样本。 我使用多重CO惯性分析将每个样本投影到CIA空间(每个样本由基于转录组,蛋白质组学和细胞数据的三个点表示)。 现在,我在原始尺寸结构中有了一个新点,我想将其投影到CIA坐标系。
我如何获得新的CIA坐标?
为了重现性,我以NCI60数据为例。
library(omicade4)
data(NCI60_4arrays)
NCI60_4arrays.sub <- lapply(NCI60_4arrays, function(m) { return(m[,1:
(ncol(m)-1)])})
mcoin <- mcia(NCI60_4arrays.sub, cia.nf=4)
要提取CIA空间中的样本坐标,
sample.cia.coordinates <- mcoin$mcoa$Tli
如何投影新数据点并获取其CIA坐标?
例如新数据点:
new.point <- lapply(NCI60_4arrays, function(m) { return(m[,ncol(m)])})
答案 0 :(得分:0)
当您想了解分析背后的计算时,一种选择是创建少量的样品分析,例如:
sample <- lapply(NCI60_4arrays[1:2], function(m) { return(m[1:7,1:5])})
sample_mcoa <- mcia(sample, cia.nf = 2)
,然后尝试了解您的身份:
收件人:
大概是几位矩阵产生的,其中一个是sample_mcoa$mcoa$axis
。我不知道这是否对您有帮助。