如何将新数据点投影到现有坐标系

Question

我有一个多组学数据列表，其中包含三行基因/蛋白质/细胞矩阵，以及列中的个人样本。这三个矩阵共享相同的样本。 我使用多重CO惯性分析将每个样本投影到CIA空间（每个样本由基于转录组，蛋白质组学和细胞数据的三个点表示）。 现在，我在原始尺寸结构中有了一个新点，我想将其投影到CIA坐标系。

我如何获得新的CIA坐标？

为了重现性，我以NCI60数据为例。

library(omicade4)
data(NCI60_4arrays)

NCI60_4arrays.sub <- lapply(NCI60_4arrays, function(m) { return(m[,1: 
(ncol(m)-1)])})

mcoin <- mcia(NCI60_4arrays.sub, cia.nf=4)

要提取CIA空间中的样本坐标，

sample.cia.coordinates <- mcoin$mcoa$Tli

如何投影新数据点并获取其CIA坐标？

例如新数据点：

new.point <- lapply(NCI60_4arrays, function(m) { return(m[,ncol(m)])})

Answer 1

当您想了解分析背后的计算时，一种选择是创建少量的样品分析，例如：

sample <- lapply(NCI60_4arrays[1:2], function(m) { return(m[1:7,1:5])})
sample_mcoa <- mcia(sample, cia.nf = 2)

，然后尝试了解您的身份：

• 2个7x5矩阵

收件人：

• 1个矩阵10x2

大概是几位矩阵产生的，其中一个是sample_mcoa$mcoa$axis。我不知道这是否对您有帮助。