在深度学习中使用nifti文件的合适方法是什么?

时间:2019-02-06 13:00:23

标签: python deep-learning nifti spm nibabel

我通过深度学习来处理医学图像。文件格式有几种类型,例如nifti,dicom,analyst,mnic等。我在深度学习实验中使用nifti brain mri文件。我已经在互联网上冲浪了几周,以期了解在深度学习中使用文件作为输入的适当方式的一些想法。结果,我很困惑。

1)与其他类型一样,nifti在文件中也包含切片。通常,在文章中选择切片的中间。这是标准吗?

2)我使用nibabel库读取python中的.nii文件。我应该将nii文件转换为jpeg或png,还是应该将文件转换为numpy数组?还有,什么是将它们转换为jpeg或png的简便方法(库,软件)?

请提供一些想法,因为文章既可提供理论信息,又不足以实践。

感谢任何建议。

1 个答案:

答案 0 :(得分:-1)

大多数图像处理库都希望使用numpy数组。转换为jpeg等磁盘格式很奇怪。

似乎您有一个体积数据集。根据要提取的特征,您将选择该3d空间到2d的投影。或者您可能想从信号中提取3d要素。

对mri扫描中的特征检测问题进行了深入研究,并且有针对此问题的工具。 https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslOverview
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FreeSurferWiki