Question

我正在尝试找出如何根据列值的第一个和最后一个实例生成新列的方法。我的数据如下：

DF <- structure(list(CHR = c(1, 1, 1, 1, 1, 1), 
SNP = c("rs2494631", "rs4648637", "rs2494627", "rs11122119", "rs1844583","rs2292242"), 
BP = c(2399149, 2401364, 2402499, 6768856, 8383469, 8385059), 
KBdist= c(NA, 2215, 1135, 4366357, 1614613, 1590), 
locus = c(1, 1, 1, 2, 3, 3)), 
.Names = c("CHR","SNP","BP","KBdist","locus"), 
row.names = c(NA, 6L), 
class = "data.frame")

> df

CHR SNP        BP       KBdist   locus
1   rs2494631  2399149  NA       1
1   rs4648637  2401364  2215     1
1   rs2494627  2402499  1135     1
1   rs11122119 6768856  4366357  2
1   rs1844583  8383469  1614613  3
1   rs2292242  8385059  1590     3

我要实现的目标是：“如果位置相同，则在该位置的第一个实例中使BP与BP相同，而在该位置的最后一个实例中使BP与BP相同”。这将产生一个输出，看起来像这样：

CHR SNP        BP       KBdist   locus    start    stop
1   rs2494631  2399149  NA       1        2399149  2402499
1   rs4648637  2401364  2215     1        2399149  2402499
1   rs2494627  2402499  1135     1        2399149  2402499
1   rs11122119 6768856  4366357  2        6768856  6768856
1   rs1844583  8383469  1614613  3        8383469  8385059
1   rs2292242  8385059  1590     3        8383469  8385059

我一直在研究我提出的类似问题的答案： Combining an ifelse statement with shift data.table function in R

并具有R中data.table的移位功能，但无济于事。任何帮助将不胜感激！

谢谢。

Answer 1

您可以使用dplyr来完成它：

library(dplyr)

dat %>% 
  group_by(locus) %>% 
  mutate(start = first(BP),
         stop = last(BP))

给出：

## A tibble: 6 x 7
## Groups:   locus [3]
#    CHR SNP             BP  KBdist locus   start    stop
#  <int> <fct>        <int>   <int> <int>   <int>   <int>
#1     1 rs2494631  2399149      NA     1 2399149 2402499
#2     1 rs4648637  2401364    2215     1 2399149 2402499
#3     1 rs2494627  2402499    1135     1 2399149 2402499
#4     1 rs11122119 6768856 4366357     2 6768856 6768856
#5     1 rs1844583  8383469 1614613     3 8383469 8385059
#6     1 rs2292242  8385059    1590     3 8383469 8385059

数据：

dat <- read.table(header = TRUE, 
                  text = "
                  CHR SNP        BP       KBdist   locus
1   rs2494631  2399149  NA       1
1   rs4648637  2401364  2215     1
1   rs2494627  2402499  1135     1
1   rs11122119 6768856  4366357  2
1   rs1844583  8383469  1614613  3
1   rs2292242  8385059  1590     3")

如果列值相等，则根据相应列中的第一个和最后一个实例创建新列

1 个答案: