优化对大量数据的搜索和插入操作

时间:2019-01-31 15:00:10

标签: python performance csv memory optimization

我正在开发一个程序,该程序需要处理大量数据,但是我想先将该数据保存在本地存储结构中,然后再将其迁移到数据库中。因此,我的问题是:保存数据(结构化的文件和(或本地存储结构)的最佳文件类型是什么,为此,我们假设它只是一个ID和一个名称),以这种方式可以对搜索和插入进行优化吗?

尽管我是一个CSV文件,但由于数据是结构化的,因此可以保存相对大量的数据(在这种情况下,我将需要约1000至100000行),但是我不确定是否有还有什么更好的了。我的想法是按名称的字母顺序对数据进行排序,因此在最坏的情况下,搜索操作将采用O(n)。至于插入操作,由于我无法在两行之间插入一行,因此我正在努力寻找一个很好的解决方案,以便按字母顺序直接在一行中插入一行,因此我必须在插入后覆盖整个行我想要的那个(我还考虑过将整个文件读入列表,然后再次写入,但是如果文件太大,则不是最佳实现。)

因此,谁能给我一些关于使用最佳文件类型的想法,哪种方法最适合插入和搜索优化?非常感谢!

(这是我的插入算法,但是会产生随机行为)

def writingOpt(firstName, lastName, birthdate, country):
    try:
        file = open("players.csv", "r+", newline='')
    except FileNotFoundError:
        print("File players.csv not found")
    else:
        with file:
            reader = csv.reader(file)
            writer = csv.writer(file)
            name = firstName + ' ' + lastName
            inserted = False
            previousRow = []
            previousPosition = 0

            for row in reader:
                if name < row[0]:
                    file.seek(previousPosition)

                    if not inserted:
                        previousRow = [name, birthdate, country]
                        inserted = True

                    writer.writerow(previousRow)
                    previousRow = row

                previousPosition += len(','.join(row))

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

我建议您将csv数据存储在pandas数据框中,然后按字母顺序对其进行排序,然后再保存数据框内容。

要处理大量数据,请参阅文档:pandas.read_csv()

以下是代码示例:

# Instanciate your pandas dataframe reading new values  (for 1000 to 100 000 lines you shouldn't encounter any issue)
df = pd.read_csv('players.csv', low_memory=True, sep=';', ...)
# Sort on the column
df.sort('name')
# Then write your sorted data to a csv file :)
df.to_csv('players_sorted.csv', index=False, header=False, sep=';', ...)

希望有帮助!

答案 1 :(得分:1)

重新实现数据库的想法对学习有好处,但对生产代码却很不利。

数据库(尤其是关系型数据库)在进行了大量优化后走了很长一段路,而且要做到这一点真的很难。

话虽如此,一些说明可能会有所帮助:

  • 如果可能,在内存中处理数据,写回磁盘。您将遭受所有IO的困扰,但至少您没有在磁盘上进行查找。如上所述,pandas是一个很好的起点
  • 根据现代数据库,
  • 100k很小
  • 读取效率来自对数据进行排序和索引(现代方法中为btree +),这使得搜索O(logN)而非O(N)。但是,问题是,很难在底层使用IO,尤其是在使用CSV的情况下,“单元素”由换行符定义,因此您需要自己实现高级查找
  • 就大多数操作系统如何对待IO而言,您不能“插入”数据,因为接口是顺序的。为了避免在插入时使用O(N),请利用旧的技巧-在O(N)的末尾写入 new 数据,并以某种方式将旧元素标记为已删除。诀窍是能够为标记写入相同数量的字节,即每行具有布尔标志,并实现“智能”逻辑来读取。

关于插入技巧,这是一个简单的示例。假设您有按id排序的表格,数据就像

id  name    amount
1   Alice   10
2   Bob     20
3   Charlie 30

您需要更新id = 2的名称/金额。搜索是O(logN)(如果您已实施了正确的.seek,那么实际更新会怎样?如果您要写入的字节数完全相同,则可以覆盖–寻找适当的位置并进行写入。即将20更改为25完全没有问题,您只写需要的内容(不保证,但是我们跳过底层细节)。 问题出在您需要将20更改为120时。在大多数情况下,您的存储抽象是连续的字节流,想象为

id,name,amount\n1,Alice,10\n2,Bob,20\n3,Charlie,30\n  # old
id,name,amount\n1,Alice,10\n2,Bob,120\n3,Charlie,30\n # new
                                    ^ everything beyond this point
                                      needs to be re-written

因此,您平均得到O(N/2)(显然,与O(N)相同)


您可以做的是:显示一个记录记录现在是否有效的“标志”:

valid   id  name    amount
Y       1   Alice   10
Y       2   Bob     20
Y       3   Charlie 30

当需要进行更新时,通过将相同字节数的标志标记为“ valid”标志来将旧行标记为“ invalid”,并在末尾写入新行:

valid   id  name    amount
Y       1   Alice   10
N       2   Bob     20
Y       3   Charlie 30
Y       2   Bob     120

该操作是O(logN)用于查找行(与之前相同),O(1)用于覆盖新标志,而O(M)用于写入新数据(查找到文件末尾不是免费的)本身,但这是一个不同的故事)。缺点–现在您需要:

  • 实现回退的乐观搜索 –如果您通过树或二进制搜索来查找数据,则需要检查标志状态,如果数据已过时–请查找文件末尾并读入反向
  • 随着更新的到来,未优化的“尾巴”不断增长,越来越多地将您推向O(N)复杂性(btree可以提供帮助,顺便说一句)。因此,您最终需要将数据压缩使其恢复到最佳状态–重新读取所有数据,删除过时的行,对数据进行重新排序,然后再写回磁盘。这是RDBMS中通常称为“真空”的东西。为此,您最好跟踪“重写了多少行”与“总共有多少行”之间的联系–使该比率超过某个阈值是抽空的迹象。