Question

我想公开已经在我的R包骨架的data /目录中发布的数据。请参阅此链接以获取“外部数据”共享基础：http://r-pkgs.had.co.nz/data.html。

我的数据以.txt格式存储。如果您不想通过延迟加载来加载数据，则只需通过加载R包require（myRpackage）然后执行data（datasetName）来加载...，您可以使用许多read方法正常读取数据.table（），read.csv2（）在基本R中起作用。

在此示例中，我的数据集称为“ publishedData.txt”，可以按以下方式加载，效果很好：

tmp = read.table("/dir/to/R/package/data/publishedData.txt", sep="\t", header=TRUE)

但是，当我用这些新的闪亮且奇妙的数据重新安装我的R包时，一遍又一遍地收到以下失败消息（请参见下面的粘贴）。

Downloading GitHub repo myGitRepo/myRpackage@master
from URL https://api.github.com/repos/myGitRepo/myRpackage/zipball/master
Installing myRpackage
library='/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library' -- 
install-tests 
* installing *source* package ‘myRpackage’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = 
dec,  : 
  line 1 did not have 215 elements
ERROR: lazydata failed for package ‘myRpackage’
* removing 
‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/myRpackage’
Installation failed: Command failed (1)

请注意，上述Github存储库不是真实的。我正在写一篇普通文章，所以不要尝试自己安装这个假R包。

我的问题：不知道如何执行惰性数据加载时，如何调试惰性数据加载？即，什么代码确定我的数据/文件夹中的publishedData.txt中的数据是“ A-OK”，还是“ Not okay”？我知道他们正在使用scan（），但它应该知道.txt文件中的sep =“ \ t”，除此之外，我不确定是什么使它崩溃了？

我尝试过的事情：

我已尽力清除标题名称（例如，从列或行名字符串中删除非字母字符）。
我还删除了行名称列之外的其他任何列，该列中包含字符串数据而不是数字数据，以防万一在惰性数据加载中把stringsAsFactors设置为默认值TRUE（这会减慢速度）。很多）。
此外，每次尝试重新安装后，我都重新启动了R ...

Answer 1

好的，所以我想出了一种方法来使它工作，而不必真正了解是什么使它崩溃了。

说您的数据集是使用read.table（）加载的，但是不会如上所述通过lazydata加载来重新安装。可能是，您的标题/行名已关闭。一个快速的解决方案就是这样做：

# Load your data into R the way it works
tmp = read.table("/dir/to/R/package/data/publishedData.txt", sep="\t", header=TRUE)
# Write data to same file with these arguments
write.table(tmp, file="/dir/to/R/package/data/publishedData.txt", sep="\t", row.names = TRUE, col.names = TRUE)

然后，使用git更新您的Github存储库，然后尝试重新安装R软件包。这次可以解决！ .txt文件中的区别是col.names的标题-第一个“列”没有与行名关联的标签。它只是以数据矩阵第1列的col.name开头。然后，在第2行中，第2行的行名开始，然后是所有数据。因此，从技术上讲，如果要使用其他方法解析此数据，则第1行的元素要比第2行少1。

希望它可以帮助其他人。：-）

在R软件包安装中，惰性数据加载如何工作？

1 个答案: