如何在R中使用Pheatmap将颜色比例固定到每一行的最小值/最大值

Question

我目前正在R中使用pheatmap从单个单元格数据创建基因表达的热图。

我目前遇到的问题是，我似乎无法复制其他热图生成器（例如Morpheus：https://software.broadinstitute.org/morpheus/

）中使用的相对色阶。

要详细说明，在Morpheus中，色标可以固定到每一行的最小和最大表达值。例如，假设色阶很简单，例如c('dark_blue', 'blue', 'bright_blue', 'white', 'bright_red', 'red', 'dark_red')，而我提供的矩阵看起来像t(data.frame(row1=c(0, 1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 11, 12, 13, 14, 15, 16))),，Morpheus将在第一行中将0深蓝色和6深红色着色，而将10变为深蓝色。第二行中的16将为深红色。颜色条然后代表每行的相对最小值和最大值。

请注意，这与简单缩放数据不同，这是我在pheatmap中所做的事情。问题是，如果我有t(data.frame(row1=c(1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 0, 0, 0, 0, 0)))之类的东西，那么即使缩放数据也不会允许6（缩放后为〜1.34）被涂成深红色，因为色标被固定为最小值（〜整个热图的最大缩放比例）和最大值（缩放后约为2.04）。

我毫不怀疑有一个简单的方法可以实现这一目标，但是我无法通过浏览基本文档来弄清楚。我还了解到，以这种方式显示热图不允许对基因进行任何比较，但这对我的用途并不是特别重要。

Answer 1

您可以像这样按行缩放数据：

mat <- t(data.frame(row1=c(0, 1, 2, 3, 4, 5, 6), row2=c(10, 11, 12, 13, 14, 15, 16)))
mat2 <- t(apply(mat, 1, scale))

然后pheatmap带有参数cluster_cols，您可以将其设置为FALSE。将所有这些放在一起，将在最终的热图中使深蓝色变为0和10

pheatmap(mat2, cluster_cols = F)