我正在将google colaboratory与ipynb(Python 3.6.7)配合使用,并且每次运行脚本并导入模块Scanpy python toolkit时都说我没有该脚本,因此必须再次安装它,花几分钟。
这里有一个类似的问题:
How to prevent 'pip install …' running every time I run the whole notebook?
答案并不令人满意,因为每次我运行脚本时都会安装scanpy,这会花费几分钟,这是不希望的。
我安装scanpy的方式是:
!pip3 install scanpy[louvain]
如果我再次运行脚本并尝试通过以下方式导入scanpy:
import scanpy as sc
我收到以下错误消息:
---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-6-c75a4ac677d6> in <module>()
1 import numpy as np
2 import pandas as pd
----> 1 import scanpy as sc
4
5 sc.settings.verbosity = 3 # verbosity: errors(0), warnings(1), info(2), hints(3)
ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy'
---------------------------------------------------------------------------
NOTE: If your import is failing due to a missing package, you can
manually install dependencies using either !pip or !apt.
To view examples of installing some common dependencies, click the
"Open Examples" button below.
---------------------------------------------------------------------------
所以我必须再次安装它,这很耗时,不应该发生,因为其他已经安装的软件包(例如pandas,numpy等)不会显示此问题。
我的问题是:
如何永久安装scanpy?
我应该能够随时导入scanpy,而不必一次又一次安装...
答案 0 :(得分:1)
根据此3 Essential Google Colaboratory Tips & Tricks的第二点:
当前, Google Colaboratory中的软件安装不是持久性的,因为每次(重新)连接到实例时都必须重新安装库。由于Colab默认情况下安装了许多有用的公共库,因此这似乎没有什么大问题,并且可以通过几种不同的方式之一轻松地添加未预先安装的库。
这似乎是每次每次scanpy都要重新安装的原因,因为它不是Colaboratory的默认软件包。