Question

读取GML图后获取节点时遇到问题。（很抱歉，我无法为您提供精确的可复制代码，因为我的代码长500行，而较小的可复制示例给出了奇怪的正确结果）。因此，我将尽力描述它：

我创建了一个中等大小的图形G（4万个节点，100万个边）。我只需执行G['something']，即可通过其String标签访问其节点。我已将其写入GML文件，然后阅读。现在：我无法像以前一样通过节点的标签访问节点（获取KeyError），但是可以通过id（在编写GML文件的过程中创建的ID，对吗？）访问节点，即{ {1}}给了我AtlasView：

G[1]

但是0、3253和9694也是ID，而不是标签。你知道出了什么问题吗？

这是我的读写代码：

AtlasView({0: {'weight': 1}, 3253: {'weight': 8}, 9694: {'weight': 1}....

另外，当我尝试在一个较小的示例上重现问题时，我得到了正确的结果。也许与编码有关？

Answer 1

这不是解决方案，而是工作方法，但是可以在再次生成文件时起作用（如果有解决方案，因为花了一天的时间，我很高兴看到它）：

TL; DR：如果您可以再次生成图形，则将其生成并保存为其他格式。

我学到的东西：对于我而言，以某种方式读取（文件本身还可以，我已经在文本编辑器中手动对其进行了检查）较大的NetworkX Graph形式的.gml文件，该图会损坏-ID（自动生成）（用于文件）和标签（可通过其访问节点）移动。看起来像这样（此代码将起作用。仅在分析较大的数据图时才会出现问题）：

#prepare the data:
G = nx.Graph()
G.add_node("String1")
G.add_node("String2")
G.add_edge("String1", "String2", weight = 1)
nx.write_graphml(G, "test.graphml")
nx.write_gml(G, "test.gml")

#now reading:
gml = nx.read_gml('test.gml')
graphml = nx.read_graphml('test.graphml')

#let's sort the edges by weight just to make this example clearer:
seGml = sorted(gml.edges(data=True),key= lambda x: x[2]['weight'],reverse=True)
seGraph = sorted(graphml.edges(data=True),key= lambda x: x[2]['weight'],reverse=True)
print(seGml[0])
print(seGraph[0])

给出输出：

(0,1, {'weight': 1})
('String1', 'String2', {'weight': 1})

在gml情况下，不可能通过G [“ String1”]（给出KeyError）来获取节点，并且将所有属性都放入字典中有时可以达到结点标签的能力，即：dictOfAtts[0]赋予{ {1}}，但有时也会出现Key错误

如何对其进行处理：：如果您可以再次生成图形，请进行处理，然后以其他格式编写（.graphml对我有用）。但是您不能只读取.gml，然后将其写入.graphml，然后再次读取.graphml-它仍然损坏。

从gml NetworkX写入/读取后获取节点

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