Question

我是python编程的初学者。我想做的是以下事情：

我有一个氨基酸序列（包括缺口）和一个相应的PDB文件。 PDB文件中的氨基酸编号与序列表中的氨基酸编号不匹配。我想在PDB文件中找到每个氨基酸条目的索引，并在序列中找到相应的索引。

以下是顺序：-LLPYFDF----DVPRNLTVTVGQT-GFLHCRVERLGDK-----DVSWIRKR----------DLHILTAGGTTYTSDQRFQVLRP---------------------------------------DGSANWTLQIKYPQPRDSGVYECQINTEP-KMSLSYTFNVVE-IVDPKFSSPIVNMTAPVGRDAFLTCVVQDLGPYKVAWLRVDTQTILTIQNHVITKNQRIGIANSEH---KTWTMRIKDIKESDKGWYMCQINTDPMKSQMGYLDVV----

这是我到目前为止尝试过的：

import pylab as pyl
import numpy as np
import sys
import os
import re
import argparse
import glob

def parseArgs():
 """Parse command line arguments"""

  try:
      parser = argparse.ArgumentParser(
       description = 'Read and extract items from input PDB file')

      parser.add_argument('-i',
                        '--input',
                        action='store',
                        required=True,
                        help='input PDB file in standard format')

   except:
        print ("An exception occurred with argument parsing. Check your provided options.")
        traceback.print_exc()


   return parser.parse_args()

# Reads a PDB file and returns the residue name and coordinates for 
# each C-alpha atom
# (the input argument for this routine is the pdb file name.)

def get_coordinates_PDB(File_In):
    try:
        fl = open(File_In,'r')
    except:
        print('Could not open input file {0}'.format(File_In))
        sys.exit()
    Res = []
    Points = []
    #Getting from a PDB file

    for line in fl:
        if not(line.startswith('ATOM')):
            continue
        elif (line[13:15] != 'CA'):
            continue
        resname = line[17:20]
        xyz = re.findall('[-+]?\d+\.\d+', line)
        tmp = np.zeros(3)
        Res.append(resname)
        tmp[0] = float(xyz[0])
        tmp[1] = float(xyz[1])
        tmp[2] = float(xyz[2])
        Points.append(tmp)
     fl.close()
     return Points, Res


def main():
  """Read and parse a provided PDB file."""


  #Parse arguments
  args = parseArgs()

  File_In = args.input

  print(get_coordinates_PDB(File_In))

if __name__ == '__main__':
   main()

这将输出PDB文件中的x，y，z坐标和氨基酸。但是，我此时陷入僵局。

如果有人可以帮助我完成其余的工作，我将不胜感激。

查找PDB文件中的氨基酸索引与序列之间的映射

0 个答案: