从BindingDB

Question

我正在尝试使用BindingDB找到一种下载蛋白质PDB文件的方法。我有一个包含不同BindingDB ID的文件，我想为每个ID下载蛋白质的每个配体下载PDB文件。

我正在使用脚本从RSCB下载特定的PDB文件：PDB。现在我必须这样做，但我有BindingDB ID。

我之前使用的脚本如下所示：

#! usr/bin/perl -w

open (NDX, 'file.txt');
@ndx_ar = <NDX>;
close NDX;

$ndx_sz = scalar @ndx_ar;

for ( $c = 0; $c < $ndx_sz; ++$c ) {

    chomp $ndx_ar[$c];

    if ( $ndx_ar[$c] =~ /pdb/ ) {
        $ndx_ar[$c] =~ s/.pdb//;
        `wget 'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]' -O $ndx_ar[$c].pdb`;
    }
    else {
        `wget 'http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId=$ndx_ar[$c]' -O $ndx_ar[$c].pdb`;
    }
}

exit;

Answer 1

我假设你想访问PDBBind数据库？

欢迎页面说明了这个

  

<强>辅助即可。 PDBbind中每个复合体的基本信息完全开放供访问（参见[BROWSE]页面）。用户需要根据许可协议进行注册，以便利用本网站提供的搜索功能或批量下载PDBbind的内容。所有学术和工业用户均可免费注册。请转到[REGISTER]页面并按照说明完成注册。

我不是生物化学家，但我怀疑你需要注册，因为浏览设施很少。我无法帮助您使用搜索设施，因为我不了解您需要的是什么。