Question

这就是我想要做的：

我想使用discrete Kolmogorov-Smirov Goodness-of-fit test，目前仅在R中可用。此外，R has the normal KS test as well-我不想使用此测试。
我是python用户，因此需要将离散的KS测试移植到python，以进行I am trying to use rpy2。

我面临的问题（如更详细的统计信息here所述）是rpy2似乎已用标准版本替代了导入的离散测试。我知道这一点，因为它在测试时无法产生正确的答案。

到目前为止的尝试

import rpy2.robjects.packages as r
utils = r.importr("utils")
package_name = "dgof"
utils.install_packages(package_name)

结果

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpTBas6a/downloaded_packages’
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Updating HTML index of packages in '.Library'

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Making 'packages.html' ...
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  done

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
rpy2.rinterface.NULL

好，到目前为止，它应该已经安装好了。因此，让我们导入它：

# Import Discrete goodness-of-fit package which includes KS and CVM tests.
dgof = rpackages.importr('dgof')

它真的导入了吗？让我们看看：

env = r.wherefrom('dgof')

返回

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In addition: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Warning message:

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In (function (x, y, ..., alternative = c("two.sided", "less", "greater"),  :
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  cannot compute correct p-values with ties

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

好吧，这很奇怪，但是也许不管怎么说，让我们看看（this is exactly the same example as used on the R side并且应该返回D = 0.66667, p-value = 0.07407）：

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np
a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
dgof.ks_test(a,b)

返回

D = 0.5, p-value = 0.925086

如果这对您没有任何意义，那么您需要知道的是这是错误的。这似乎是错误的，因为以某种方式装入了标准ks_test而不是离散的标准（我们在上面列表的第2项中讨论的标准）。让我们通过加载标准库和KS测试来验证：

from rpy2.robjects.packages import importr
base     = importr('base')
stats    = importr('stats')
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np

a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
stats.ks_test(a,b)

返回

D = 0.5, p-value = 0.925086

这很酷-有人知道为什么会这样吗？

注意： this question is related to my other question，但在python方面有更多详细信息。

Answer 1

它真的导入了吗？让我们看看：

env = r.wherefrom('dgof')

返回

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found

RRuntimeWarning来自R本身，这是人们所期望的。没有对象dgof，因为R包名称空间不是对象。

您可能想要的wherefrom('ks.test')（请参阅 https://rpy2.github.io/doc/v2.9.x/html/robjects_rpackages.html#finding-where-an-r-symbol-is-coming-from。

这之间可能会发生很多事情，具体取决于软件包dgof的功能（如果您来自Python，R可以让软件包开发人员做一些真正奇怪的事情）。

您是否尝试依赖R的调度和函数重载机制？加载R程序包dgof后，调用ks.test而不指定名称空间。

dgof = rpackages.importr('dgof')
import rpy2.robjects
# "generic" function ks.test
ks_test = rpy2.robjects.r('ks.test')
# Use it
ks_test(a, b)

使用rpy2将R软件包安装/导入到python中，导入/忽略有问题的数据包

1 个答案: