Question

我使用手动创建的conda env，而不是使用Snakemake自动创建。我这样做是为了保持更严格的版本控制。

无论如何，在我的config.yaml中，有以下一行：

conda_env: '/rst1/2017-0205_illuminaseq/scratch/swo-406/snakemake'

然后，在我的Snakefile的开头，我读到了该变量（从shell部分的config中读取变量似乎不起作用，对吗？）：

conda_env = config['conda_env']

然后在外壳部分中，我称赞这样的参数：

rule rsem_quantify:
    input:
        os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R1_001.fastq.gz'),
        os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R2_001.fastq.gz')
    output:
        os.path.join(analyzed_dir, '{sample}.genes.results'),
        os.path.join(analyzed_dir, '{sample}.STAR.genome.bam')
    threads: 8
    shell:
        '''
        #!/bin/bash
        source activate {conda_env}

        rsem-calculate-expression \
        --paired-end \
        {input} \
        {rsem_ref_base} \
        {analyzed_dir}/{wildcards.sample} \
        --strandedness reverse \
        --num-threads {threads} \
        --star \
        --star-gzipped-read-file \
        --star-output-genome-bam
        '''

请注意{conda_env}。现在，这给了我以下错误：

Could not find conda environment: None
You can list all discoverable environments with `conda info --envs`.

现在，如果我直接将{conda_env}的参数更改为/rst1/2017-0205_illuminaseq/scratch/swo-406/snakemake，它确实可以工作！使用此方法读取其他参数没有任何麻烦（例如上面示例规则中的rsem_ref_base和analyzed_dir。

这有什么问题吗？

最诚挚的问候

Freek。

Answer 1

我使用的模式是将变量加载到params中，所以类似

rule rsem_quantify:
    input:
        os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R1_001.fastq.gz'),
        os.path.join(fastq_dir, '{sample}_R2_001.fastq.gz')
    output:
        os.path.join(analyzed_dir, '{sample}.genes.results'),
        os.path.join(analyzed_dir, '{sample}.STAR.genome.bam')
    params:
        conda_env=config['conda_env']
    threads: 8
    shell:
        '''
        #!/bin/bash
        source activate {params.conda_env}

        rsem-calculate-expression \

        ...

        '''

尽管如此，我也绝不会在conda环境中执行此操作，因为Snakemake内置了conda环境管理功能。有关详情，请参见this section in the docs on Integrated Package Management。这使得重现性更加易于管理。

不从config.yaml文件中获取Snakemake conda env参数

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