bioconda:没有这样的文件或目录mulled-build

时间:2016-11-22 15:39:39

标签: python conda snakemake

我正在尝试为bioconda构建一个新包(verifybamid)。我在最小的Linux VM上运行它,并设置了docker,conda,bioconda-utils等。 conda build verifybamid有效。当我尝试./simulate-travis.py --packages verifybamid --loglevel=debug时,事情一切正常,但最终我得到了test_package()调用的No such file or directory: mulled-build。根据{{​​3}}:

  

现在可以在隔离的busybox容器中测试每个构建的包   感谢mulled-build和involucro。这将抓住问题   recipe无法在运行依赖项中指定libs(例如,libgcc)。

但我必须为此安装哪个软件包?

谢谢, 安德烈亚斯

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

你需要安装galaxy-lib。实际上,它应该与您的requiremets.txt文件一起作为bioconda-utils的依赖项。如果没有,请执行conda install galaxy-lib,您将获得mulled-build,以便从Conda软件包中创建非常高效的Docker容器。

干杯, 比约恩