Question

我正在尝试计算个人的侵略性（分数从1到6）。个体（ID）不是独立的，而是嵌套在菌落中。我们知道，殖民地的侵略水平彼此不同。因此，我想将菌落作为随机效应纳入模型，并估计个人攻击的可重复性。

我的数据由来自7个殖民地的204个人组成，反复进行了4次侵略性测试。在用family = "ordinal"运行MCMCglmm之前，将菌落和个体（ID）转换为因子（分别为7级和204级）。

已设置以下优先条件：

prior=list(R=list(V=1,fix=1),
           G=list(G1=list(V=1,nu=1000,alpha.mu=0,alpha.V=1),
           G2=list(V=1,nu=1000,alpha.mu=0,alpha.V=1)))

然后使用以下语法运行模型：

mod<-MCMCglmm(Aggression~1,random=~colony+ID,data=data,family="ordinal",
              prior=prior, nitt=500000, thin=1000,burnin=50000,verbose=F)

由此，后验模式提取如下：

posterior.mode(mod$VCV)

输出如下：

colony: 0.2397765; ID:0.2900612; units: 0.9998443

个人的重复性计算如下：

Repeatability (R) = 0.290/(0.239+0.290+0.999+1)，我猜它等于个体方差/总方差。分母上加1以说明概率分布。

我想知道这是否是估计重复性的正确公式代码？因为我得到的重复性值太低且出乎意料（0.11）。

自相关<0.1。有效样本量在360到450之间。而且，菌落的痕迹图看起来有点奇怪？

非常感谢您的帮助。谢谢！