Question

我想使用软件包plot3D中的persp3D或rgl函数，并且已经研究了软件包描述和虚拟数据集“ Volcano”。但实际上我无法对数据进行以下操作：

我在3列中列出了一些数据，例如

Col1 Col2 Col3
1    0.2   2 
2    0.5   5
3    0.6   9
4    19    8
5    1.3   10
6    0.1   60

，我想用persp3D或plot3D制作3D表面图。当然我有更多数据，但无法在此处列出。正如我在“火山图”中所看到的（如果我的建议正确），火山数据包含的数据像矩阵一样排列。
所以我想，一开始我想将数据设置为如下矩阵：

 2   5   9   8   10   
 60  1 0.2  NA   NA  
 NA  2  NA 0.5   NA
  3  NA  NA  0.6
  4  NA  NA  NA  19

以此类推

5
6

当然，我看到来自Volcano的数据矩阵是完整的，并且我有许多NA。是否可以根据模型在已经测量的值之间计算NA？我认为计算值的确定性正在降低，离您从测量值的对角线算起的距离越远。

现在我的问题：

如何将3列放入矩阵样式，以及如何计算缺失的NA？

非常感谢您，克里斯

见上文

Answer 1

如果要创建3D散点图，plotly包是一个不错的选择。您可以直接运行下面的代码以创建示例图。您只需通过使用变量名称引用x，y，z变量来指定它们（请参见数据框mpg）。

# install.packages("plotly")
library(plotly)

plot_ly(data = mpg, x = ~cty, y = ~hwy, z = ~cyl) %>%
  add_markers(color = ~cyl, colors = colorRamp(c("yellow", "darkred")),
              alpha = 0.7, size = I(1)) %>% colorbar(title = "Cylinder") %>%
  layout(title= "3D Scatterplot", scene = list(xaxis = list(title = "CTY"),
                                               yaxis = list(title = "HWY"), 
                                               zaxis = list(title = "CYL"),
                                               range = c(3, 8)))

关于NA值：R中的可视化程序包通常要么完全排除NA观察值（行），要么给出错误。如果它们提供了错误，则可以手动将其删除（或替换它们，但这可能不是一个好主意）。

要删除任何列中具有NA的行：

df = df[!apply(df, 1, anyNA), ]

这是扩展的示例：

df = mtcars
df[4, 1] = NA
df[10, 4] = NA

# WITH NA
dim(df) # rows, columns in data set
anyNA(df) # any NAs in data set?
sum(is.na(df)) # number of NAs in data set

# REMOVING NA
df = df[!apply(df, 1, anyNA), ]
dim(df) # rows, columns in data set
anyNA(df) # any NAs in data set?
sum(is.na(df)) # number of NAs in data set

Answer 2

如果您的真实数据具有与样本矩阵一样多的NA值，则在rgl::persp3d中可能无法正常工作。我建议您坚持使用3列格式，仅包括非{NA值。

要绘制该格式的数据表面图，请参见https://stackoverflow.com/a/53485406/2554330。简短的版本是这样的：如果您的数据位于名为df的数据框中，则代码为：

library(rgl)
dxyz <- deldir::deldir(x = df$col1, y = df$col2, z = df$col3, suppressMsge = TRUE)
plot3d(dxyz, col = "gray")

将persp3D或plot3D与列中的数据一起使用并计算NA位置

2 个答案: