如何用颜色显示基因值的表达来绘制小提琴图？

Question

我正试图在几个小组之间绘制“基因A”的基因表达。 我用ggplot2绘制，但失败了

p <- ggplot(MAPK_plot, aes(x = group, y = gene_A)) + geom_violin(trim = FALSE , aes( colour = gene_A))  + theme_classic()

我想从this中获得像https://www.researchgate.net/publication/313728883_Neuropilin-1_Is_Expressed_on_Lymphoid_Tissue_Residing_LTi-like_Group_3_Innate_Lymphoid_Cells_and_Associated_with_Ectopic_Lymphoid_Aggregates这样的数字

Answer 1

您将必须提供数据以获得针对您的问题的更具体的答案。但是，我不希望您因到目前为止的失败而感到沮丧，并且根据您的链接，也许这个例子可以使您有所思考。

弄清楚您必须使用geom_violin的工作。此外，您将需要某种形式的刻面/多面板。最后，要像给定链接中那样进行完整注释，您需要使用grid包功能（在此不使用）。

我对基因表达数据集不熟悉，但是在此示例中，我使用了IMDB电影分级数据集（存储在ggplot2movies包中）。

library(ggplot2)

library(ggplot2movies)
library(data.table)
mv <- copy(movies)
setDT(mv)
# make some variables for our plotting example
mv[, year_10 := cut_width(year, 10)]
mv[, rating_10yr_avg := mean(rating), by = year_10]
mv[, length_3gr := cut_number(length, 3)]

ggplot(mv, 
       aes(x = year_10, 
           y = rating)) + 
  geom_violin(aes(fill = rating_10yr_avg),
              scale = "width") +
  facet_grid(rows = vars(length_3gr))

请不要将此答案作为鼓励不要发布与您的问题相关的数据的形式。