Question

从461个X，Y和Z坐标列表中，我使用SciPy创建了一个看起来像这样的距离矩阵

[[ 0.          3.78112691  6.55159315 ... 63.40661118 62.2923149
  64.71125443]
 [ 3.78112691  0.          3.76986434 ... 60.79913069 59.55251531
  61.87364432]
 [ 6.55159315  3.76986434  0.         ... 61.12392086 59.65959803
  61.94572052]
 ...
 [63.40661118 60.79913069 61.12392086 ...  0.          3.8003808
   5.63044026]
 [62.2923149  59.55251531 59.65959803 ...  3.8003808   0.
   3.82889361]
 [64.71125443 61.87364432 61.94572052 ...  5.63044026  3.82889361
   0.        ]]

我还编写了代码，允许用户从距离矩阵中提取小于或等于某个值的值，然后将其写入文本文件

radius = int(input("Enter the radius threshold for contact (Angstrom): "))


###########This code will extract every pair <= radius##################
f = open('contact.txt', 'w')

for i in distance_matrix:
    for j in i:
        if j <= radius:
            if j != 0:
                f.write(str(j) + '\n')

print("File contact.txt written")
#########################################################################

文本文件（contact.txt）只是一长串值<=到用户指定的值。有没有办法写这些值来自哪对索引？例如，如果在x轴的索引b和y轴的索引c的交点处找到值“ a”，是否可以将其添加到输出文本文件中？

Answer 1

根据评论，您可以使用枚举，等效于

zip( range( len(vec)), vec)

为此：

f = open('contact.txt', 'w')

for n1, i in enumerate(distance_matrix):
    for n2 ,j in enumerate(i):
        if j <= radius:
            if j != 0:
                f.write(str(j) + '\n')

print("File contact.txt written")

其中n1和n2是您的索引

Answer 2

您可以使用np.where

indices = np.where((distance_matrix <= radius) & (distance_matrix != 0))
row_col_vals = list(zip(*indices, distance_matrix[indices]))  # gives you a list or (row, col, value) tuples

例如，如果radius = 5和

distance_matrix =  np.array([[2, 6], [0, 3]])

然后

row_col_vals = [(0, 0, 2), (1, 1, 3)]

要写入文件：

f = open('contact.txt', 'w')
for row, col, val in row_col_vals:
    print(row, col, val, file=f)
f.close()

HTH。

在距离矩阵中找到值的索引？

2 个答案: