Question

抱歉，这是一个愚蠢的问题，但是我在弄清楚如何在drc软件包中使用pmodel时遇到了麻烦。我在网上到处搜索，我所能找到的就是定义，即：“一个数据列，其中包含许多列，因为非线性函数中有参数。或者一个包含非线性函数中每个参数的公式的列表”。网上有例子，但我没有代表。例如，对于命令：

sel.m2 <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, fct=LL.2(),
    type="binomial", pmodels=list(~1, ~factor(type)-1))

met.as.m1<-drm(gain ~ dose, product, data = methionine, fct = AR.3(),
    pmodels = list(~1, ~factor(product), ~factor(product)))
    plot(met.as.m1, log = "", ylim = c(1450, 1800))

auxins.m1 <- boxcox(drm(y ~ dose, h, pmodels = data.frame(h, h, 1, h), fct = LL.4(), data = auxins), method = "anova")

我将pmodels视为列表和数据框，但是“ -1”对“〜1”是什么意思，或者列出一个因子是什么意思，该顺序在括号内的意义是什么？

Answer 1

我同意，对于新人来说，这没有得到很好的解释。不幸的是，我只能部分回答您。回应较晚，但对于其他人：

有两种资源可供drc参考： a）作家发表了有关drc的文章。参见正文和补充说明（在此示例中为S3）DOI：10.1371 / journal.pone.0146021 b）有关pmodel的信息，请参见drc.pdf和ctrl + f，以检查其各种用途。

data.frame vs. list取决于我相信的分组级别。

玩弄我的数据（子集）后，我发现 pmodels（）=参数/合并模型也就是您如何将这些参数设置为相等（即全局/不共享）。在上一个使用生长素df的示例中

library(drc)
auxins.m1 <- boxcox(drm(y ~ dose, h, pmodels = data.frame(h, h, 1, h), 
fct = LL.4(), data = auxins), method = "anova")

## changed names to familiar terms by a non-statistician 
auxins.m1 <- boxcox(drm(y ~ dose, h, pmodels = data.frame(h, h, 1, h), 
fct = LL.4(names=c("hill.slope","bot","top","ed50"), data = auxins), method = "anova")

显示顶部设置为1。顺序与LL.4（names ...）

相同

因此，如果您设置

pmodels = data.frame(h, 1, 1, h)     ## ("hill.slope","bot","top","ed50")

就像在第10页的drc.pdf中所做的那样，您会看到它设置了一个公共/共享的底部和顶部。

查看他们的补充文章的第9页，它表明对于LL.2，两参数对数拟合具有预设的top = 1和bottom = 0。

的输出

selenium.LL.2.2 <- drm(dead/total~conc, type, weights = total,
data = selenium, fct = LL.2(), type="binomial",
pmodels = list(~factor(type)-1, ~1))       ## ("hill-slope", "ed50")

表明ed50被假定为常数。另请参见drc.pdf第91页：

## Fitting the model with freely varying ED50 values
mecter.free <- drm(rgr ~ dose, pct, data = mecter,
fct = LL.4(), pmodels = list(~1, ~1, ~1, ~factor(pct) - 1))

不幸的是，还不清楚对象1相对于对象是什么意思。更好的方法可能是使用基本的drm（）而不使用LL。＃（）

的特殊情况。

检查

getMeanFunctions()

查看所有可用功能

如果您尝试将某个值固定为某个值，则可以

fct = LL.4(fixed = c(NA,0,1,NA)) 
## effectively becomes the standard LL.2()

## or
fct = LL.4(fixed = c(1,0,NA,NA)) 
## common hill slope = 1; assumes baseline correction hence = 0

部分相关；看到很多drm函数的布局： https://stackoverflow.com/a/39257095

什么是drc包中的pmodels

1 个答案: