R中的ED.drc函数适用于未覆盖整个响应范围的曲线

时间:2018-10-03 14:39:36

标签: r drc

我使用drm函数为未覆盖整个响应范围的数据集拟合了剂量响应模型。因此,我测试了浓度范围,但最高测试浓度并未导致测试生物的100%死亡率。如果我现在使用ED功能定义EC50,它会显示效果剂量,导致最大观察效果达到50%。无论如何,这不是导致50%受感染生物体的实际效果剂量,因为我的剂量反应曲线并未涵盖整个剂量反应范围。

#Input data
conc1<-c(10,20,40,80,160)
inc.dr<-c(0,0,20,60,70)

conc2<-c(10,20,40,80,160,320)
comp.dr<-c(0,0,20,60,70,100)

#Model fitting
wrongECx<-drm(inc.dr~conc1,fct=llogistic2(fixed=c(NA,0,NA,NA,1)),type="continuous")

correctECx<-drm(comp.dr~conc2,fct=llogistic2(fixed=c(NA,0,NA,NA,1)),type="continuous")


# Calculation of ECx values
ED(wrongECx, c(10,20,50), interval = "fls")

ED(correctECx, c(10,20,50), interval = "fls")

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