Question

根据this Github issue（对于knitr v1.12标记为固定），应该可以在Snitr中缓存Stan块，这样就不必在每次编织时都重新编译Stan模型对象文件。

但是，使用knitr v1.20（RStudio v1.1.463中的R v3.5.1）时，第二次编织文件时（这样就已经建立了缓存），我得到一个错误：

Quitting from lines 9-18 (Testing_Stan_cache.Rmd) 
Error in fun(environment()) : invalid first argument
Calls: <Anonymous> ... call_block -> <Anonymous> -> lazyLoad -> lazyLoadDBexec -> fun
Execution halted

Rmarkdown示例文件（错误中提到的9-18行是Stan块）：

---
title: "Testing Stan cache"
output: html_document
---

## Stan model

```{stan output.var="ex1", cache=TRUE}
data {
  int<lower=0, upper=1> X[100];
}
parameters {
  real<lower=0, upper=1> p;
}
model {
  X ~ bernoulli(p);
}
```

## Run the model 

```{r}
library(rstan)
fit <- sampling(ex1, data=list(X = rbinom(100, 1, 0.3)))
print(fit)
```

我也在Stan块选项中使用cache.lazy=FALSE进行了尝试，但出现了另一个错误：

Quitting from lines 23-26 (Testing_Stan_cache.Rmd) 
Error in sampling(ex1, data = list(X = rbinom(100, 1, 0.3))) : 
  object 'ex1' not found
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> sampling
Execution halted

Answer 1

这是 knitr 的错误，I just fixed on Github。请尝试当前的开发版本：

remotes::install_github('yihui/knitr')

Knitr无法在Stan块上使用cache = TRUE

1 个答案: