建议使用哪种软件来自动执行图像注释?

时间:2018-12-06 18:20:21

标签: image-processing automation jpeg

我们在Excel中制作如下图像。原始图像被导入并放置在注释中通常正确的区域中,这些注释本身就是链接到范围的图像,其内容取决于用户的选择。

必须为每个图像手动调整每个注释的绝对位置和尺寸。样品名称的数量可以变化(最多12个样品道)。左侧的大小阶梯也可以根据所分析蛋白质的大小而变化。

在正确调整大小和对齐所有内容之后,将包含原始图像+批注的范围复制并保存为jpg(然后将其导入到Access数据库中)。

尽管我们已经使用VBA自动化了其中的某些部分,但是调整每个图像的过程(列的宽度,文本大小,大小梯子的位置等)可能会非常繁琐。肯定有一些软件可以使这个过程更加高效。我们的其中一名工作人员需要花费数小时来调整和完成大约10-20张这些图像。

欢迎任何建议。

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此过程称为电泳。将样品(在这种情况下为蛋白质)加载到聚丙烯酰胺凝胶中(每个样品都以自己的“泳道”),并通电拉动凝胶。此过程通过大小和电荷将每个泳道中的所有蛋白质分离。

“梯子”是已知大小的各种蛋白质的溶液。用于确定其他泳道中蛋白质的大小。

左图包含梯形图的尺寸范围(在这种情况下为10、15,... 150、200)。梯形图图像中的每个“步骤”都与实验中出现在梯形通道中的黑带对齐(在这种情况下,不存在包含黑带的实际梯形通道...为了进行调整,可以裁剪后对齐)图片的整体外观。

右边的图像是蛋白质名称,指向凝胶上该特定蛋白质应出现的位置。例如,蛋白质肌动蛋白应该以大约42道尔顿的速度排出。该位置存在明显的黑带,这一事实很好地证明了该样品中含有肌动蛋白。

许多凝胶还将在顶部或底部描述样品来源。因此,例如,如果泳道1中的样本来自小鼠肝细胞,泳道1将被标注为“小鼠肝”。

原始图像在实验室中捕获,并另存为jpg。然后将该jpg直接手动复制到Excel工作表中,在该工作表中裁剪图像的多余部分。然后将裁剪的图像移动到包含注释(梯形图,蛋白质名称,样品名称)的工作表区域内。这些注释本身就是图像(链接到工作簿中的其他范围,这些范围随每个实验而改变...蛋白质名称,样品名称,梯形图类型对于每个实验都可以不同)。这些注释图像在每种情况下都需要精确定位(如前所述),以与泳道和蛋白质大小对齐。一切对齐后,将其另存为jpg并移至Access中。

我的问题是...是否已经有专门为此类任务设计的软件?正如Excel不是数据库程序一样,它也不是图像注释程序。我想知道是否有一个准备就绪的应用程序,该应用程序专门设计用于使用随图像而变化的元素来注释图像。

当然,仍然需要手动在图像周围移动元素以使所有内容对齐(我在这里不是寻找奇迹)。我认为这必须要比Excel更好。

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