Question

我有一个已对齐的T1图像（NIFTI），尺寸为121 x 145 x121。
该图像由nibabel加载。体素尺寸为1.5 x 1.5 x 1.5毫米。
我想将其降采样为分辨率为2.0 x 2.0 x 2.0 mm的图像，并保持图像对齐。

我对MRI图像处理知之甚少。我找不到清晰的教程。

我该怎么做？如果您知道任何其他可以执行此操作的Python库，那么它也将起作用。

Answer 1

我建议使用Nibabel。它只需几行就可以对nifti文件进行降采样。
将样本重新采样到体素大小为2x2x2的示例：

import nibabel
import nibabel.processing

input_path = r'/input/path/input_img.nii.gz'
output_path = r'/output/path/output_img.nii.gz'
voxel_size = [2, 2, 2]

input_img = nibabel.load(input_path)
resampled_img = nibabel.processing.resample_to_output(input_img, voxel_size)
nibabel.save(resampled_img, output_path)

只需更新input_path和output_path以反映您的文件。 resample_to_output函数（voxel_size中的第二个参数需要匹配输入的尺寸或为单个值，然后nibabel将假定您希望所有尺寸都具有相同的体素尺寸。

Nibabel信息：
文件：http://nipy.org/nibabel/。
安装说明：https://anaconda.org/conda-forge/nibabel

使用Nipy在Python中下采样MRI T1图像

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