操纵.hdr图像文件（MRI）

Question

我有一个.hdr文件，其中包含从MRI扫描中获取的图像的数据。

现在我需要知道如何操作这些类型的文件来使用python对它们进行图像处理（像3d中值过滤，将一个图像分成另一个图像）。

Answer 1

我想出了一个解决方案：你可以使用nipy模块。这样你就可以使用它来加载.hdr文件（假设.img文件在同一个路径中），然后你可以将它保存为另一个文件，特别是.nii，并将它们组合起来。通过这种方式，您可以将numpy视为ndarray，并且现在可以进行图像处理！ （只需确保从图像加载数据，以便将其视为一个numpy数组）请参阅here

Answer 2

稍微轻量级的解决方案是使用nibabel库：

http://nipy.org/nibabel/

正如你所看到的，它与nipy共享了许多功能（以及开发人员......），但它是纯Python，实际上只是用于进行神经影像数据格式I / O

Answer 3

您可以在python中使用nibabel库在python中加载.hdr和.img图像。 这是链接-https://nipy.org/nibabel/reference/nibabel.html#module-nibabel

要加载.hdr和.img图像，请使用以下代码。

import nibabel as nb
img = nb.load("file.img")
hdr = nb.load("file.hdr")

您可以使用matplotlib绘制.img文件，并仅打印'hdr'的内容以检查元数据。

此外，必须注意，“ img”也是一个凹凸不平的内存映射文件，您可以像对ndarray一样进行操作。