散景中的图像图,具有紧密的轴和匹配的纵横比

时间:2018-12-04 16:48:45

标签: python plot bokeh aspect-ratio

我正在Django应用程序中使用bokeh 1.0.1版本,我想将微观表面图像显示为可缩放的图像图,并带有颜色编码的高度和颜色栏。从原则上讲这是可行的,但是我很难获得具有正确长宽比的图,只显示没有周围空间的图像。

以下是我要实现的示例:绘制的图应该

  • 显示一个随机数据的图像,该图像在数据空间中的宽度为sx=10,高度为sy=5(图像 size
  • 在初始视图中,轴限于(0,sx)(0,sy) 以及缩放时
  • 屏幕上的正方形至少在初始视图中应该与数据空间中的正方形匹配

对于图像,我只使用nx=100指向x方向而ny=100指向y方向的随机数据。

这是我的第一种方法:

尝试1

from bokeh.models.ranges import Range1d
from bokeh.plotting import figure, show
from bokeh.models import LinearColorMapper, ColorBar
import numpy as np

sx = 10
sy = 5

nx = 100
ny = 100    
arr = np.random.rand(nx, ny)

x_range = Range1d(start=0, end=sx, bounds=(0,sx))
y_range = Range1d(start=0, end=sy, bounds=(0,sy))

# Attempt 1
plot = figure(x_range=x_range, y_range=y_range, match_aspect=True)

# Attempt 2
# plot = figure(match_aspect=True)

# Attempt 3
# pw = 400
# ph = int(400/sx*sy)
# plot = figure(plot_width=pw, plot_height=ph, 
#               x_range=x_range, y_range=y_range, match_aspect=True)

color_mapper = LinearColorMapper(palette="Viridis256", 
                                 low=arr.min(), high=arr.max())
colorbar = ColorBar(color_mapper=color_mapper, location=(0,0))

plot.image([arr], x=[0], y=[0], dw=[sx], dh=[sy],  
           color_mapper=color_mapper)
plot.rect(x=[0,sx,sx,0,sx/2], y=[0,0,sy,sy,sy/2], 
          height=1, width=1, color='blue')

plot.add_layout(colorbar, 'right')    
show(plot)

我还在情节中添加了蓝色方块,以便查看 长宽比要求失败。

不幸的是,在resulting picture中,正方形不再是正方形,它的宽度是正方形的两倍。缩放和平移可以按预期进行。

尝试2

使用忽略范围时

plot = figure(match_aspect=True)

我会得到this picture。正方形是屏幕上的正方形, 很好,但是轴范围已更改,所以有 现在周围有空间。我只想让数据区域覆盖 图片。

尝试3

或者,在给图形提供plot_heightplot_width时, 具有预定义的宽高比,例如由

pw = 800 # plot width
ph = int(pw/sx*sy)
plot = figure(plot_width=pw, plot_height=ph, 
              x_range=x_range, y_range=y_range, 
              match_aspect=True)

我会得到this picture。正方形也不再是正方形。这几乎可以完成,但是很困难,因为plot_width还包括颜色栏和工具栏。

我已经读过this corresponding blog post 和相应的bokeh documentation,但我无法使其正常工作。

有人知道如何实现我想要的目标或是否不可能? 响应行为也很好,但是我们现在可以忽略它。 感谢您的提示。

更新

Gitter与Bokeh开发人员进行了交谈之后(感谢Bryan!),看来我想要的几乎是不可能的。

原因是,match_aspect=True的工作方式是使数据空间中的正方形看起来像像素空间中的正方形:给定画布大小,这可能是由于对响应应用不同的sizing_mode设置而导致的行为,然后更改数据范围以具有匹配的宽高比。因此,没有其他方法可以使像素的宽高比与数据的宽高比匹配,而无需在图像周围添加额外的空间,也就是将轴延伸到给定的边界上。另请参阅此issue的评论。

可以没有响应性的行为,然后预先确定纵横比的画布大小,但是由于内部绘图框周围的所有其他元素也占用空间,因此目前尚不完美。有一个PR可以直接控制内部框架的尺寸,但是我不确定该怎么做。

好吧,如果我放弃目标要紧轴怎么办? 这是在上面的“尝试2”中完成的,但是图像周围有太多的空白空间,与图像打印所占用的空间相同。

我尝试使用各种range_padding*属性,例如

x_range = DataRange1d(range_padding=10, range_padding_units='percent')
y_range = DataRange1d(range_padding=10, range_padding_units='percent')

但它不会减少绘图周围的空间,而只会增加它。填充百分比应相对于dhdw给定的图像尺寸。

在上面的示例中(使用range_padding),有人知道如何使用match_aspect=True参数以具有较小的轴范围或以其他方式在图像图周围具有较小的填充吗? 我已经为此打开了another question

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您可以接受此解决方案(适用于Bokeh v1.0.4)吗?

from bokeh.models.ranges import Range1d
from bokeh.plotting import figure, show
from bokeh.layouts import Row
from bokeh.models import LinearColorMapper, ColorBar
import numpy as np

sx = 10
sy = 5

nx = 100
ny = 100
arr = np.random.rand(nx, ny)

x_range = Range1d(start = 0, end = sx, bounds = (0, sx))
y_range = Range1d(start = 0, end = sy, bounds = (0, sy))

pw = 400
ph = pw * sy / sx
plot = figure(plot_width = pw, plot_height = ph,
              x_range = x_range, y_range = y_range, match_aspect = True)

color_mapper = LinearColorMapper(palette = "Viridis256",
                                 low = arr.min(), high = arr.max())

plot.image([arr], x = [0], y = [0], dw = [sx], dh = [sy], color_mapper = color_mapper)
plot.rect(x = [0, sx, sx, 0, sx / 2], y = [0, 0, sy, sy, sy / 2], height = 1, width = 1, color = 'blue')

colorbar_plot = figure(plot_height = ph, plot_width = 69, x_axis_location = None, y_axis_location = None, title = None, tools = '', toolbar_location = None)
colorbar = ColorBar(color_mapper = color_mapper, location = (0, 0))
colorbar_plot.add_layout(colorbar, 'left')

show(Row(plot, colorbar_plot))

结果:

enter image description here