2个矩阵(m1 / m2)之间的Spearmanr(scipy)-仅在m1列和m2列之间限制相关矩阵

时间:2018-12-04 13:07:12

标签: python scipy

我有2个昏暗的矩阵

m1.shape

(107,10)

m2.shape

(107,10)

我想提取spearman rho并使用热图将数据可视化:

rho,pval=scp.stats.spearmanr(m1,m2)
sns.heatmap(rho,vmin=-1,vmax=1,center=0,cmap="RdBu_r",
       xticklabels=m1.columns,
       yticklabels=m2.columns) 

这都是非常标准的,但是,我基本上需要一个

rho.shape

(10,10)

但我知道

rho.shape

(20,20)

考虑到“由spearmanr计算的相关矩阵是正方形,其长度等于a和b组合的变量(列或行)的总数”是可以预期的。

我只对m1列和m2列之间的相关性感兴趣。我尝试将corr限制为

,但未成功
rho,pval=scp.stats.spearmanr(m1[:,0:10] ,m2[:,0:10])

对不起,我是python的新手,当然这应该非常简单(就像R中一样)。

欢呼!

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