Question

我想通读不同文件夹中的图像。我写了以下代码

     for Case_id in range(1,6):

     path ='/Users/XXXXXX/Desktop/pyradiomics/Converted/Case{}/'.format(Case_id)
     print(path)
     for files in os.listdir(path):
       if files.endswith("Image.nii"):
          print(files)
          image=sitk.ReadImage (files)
       if files.endswith("label.nii"):
          print(files)
          mask=sitk.ReadImage (files)

运行此命令时，我收到一条错误消息：

RuntimeError：SimpleITK ReadImage中引发异常：   /scratch/dashboard/SimpleITK-OSX10.6-x86_64-pkg/SimpleITK/Code/IO/src/sitkImageReaderBase.cxx:89：

sitk :: ERROR：文件“ xxxx_image.nii”不存在。

如果我只运行print命令，则可以看到指定文件夹中的所有文件以及路径。非常感谢您的帮助。

Answer 1

@ dave-chen是正确的。您需要加入路径以获取完整路径。试试：

 for Case_id in range(1,6):

 path ='/Users/XXXXXX/Desktop/pyradiomics/Converted/Case{}/'.format(Case_id)
 print(path)
 for files in os.listdir(path):
   if files.endswith("Image.nii"):
      print(files)
      image=sitk.ReadImage(os.path.join(path, files))
   if files.endswith("label.nii"):
      print(files)
      mask=sitk.ReadImage(os.path.join(path, files))

Answer 2

我猜您需要将完整路径名传递给ReadImage。 “文件”仅是文件的名称。如果您不在该“路径”目录中运行脚本，则ReadImage不会对文件进行优化，因此它将在当前工作目录中查找。

无法遍历SimpleITK

2 个答案: