R，STDIN至Rscript

Question

我正在尝试制作一个R脚本-test.R-可以直接从unix中的管道中获取文件或文本字符串，如以下任一种：

file | test.R

或：

cat Sometext | test.R

试图遵循答案here和here，但我显然缺少一些东西。是上面的管道还是下面的脚本给了我这样的错误：

me@lnx: cat AAAA | test.R
bash: test.R: command not found
cat: AAAA: No such file or directory

我的测试脚本：

#!/usr/bin/env Rscript
input <- file("stdin", "r")
x <- readLines(input)
write(x, "")

更新。

脚本：

#!/usr/bin/env Rscript
con <- file("stdin")
open(con, blocking=TRUE)
x <- readLines(con)
x <- somefunction(x) #Do something or nothing with x
write(x,"")
close(con)

然后cat file | ./test.R和echo AAAA | ./test.R都产生预期的结果。

Answer 1

在这里，我仍然喜欢r，而不是Rscript（但是，我对此并没有偏见……）

edd@rob:~$ (echo "Hello,World";echo "Bye,Bye") | r -e 'X <- readLines(stdin());print(X)' -
Hello,World
Bye,Bye
[1] "Hello,World" "Bye,Bye"
edd@rob:~$ 

r也可以直接read.csv()：

edd@rob:~$ (echo "X,Y"; echo "Hello,World"; echo "Bye,Bye") | r -d -e 'print(X)' -
      X     Y
1 Hello World
2   Bye   Bye
edd@rob:~$

-d本质上是一个预定义的“通过read.csv将stdin读入X”，我想我是从rio或其他软件包中借来的。

编辑：您的示例可以进行一些小的更改：

1. 使其可执行：chmod 0755 ex.R
2. 正确输入管道输出，即使用echo而不是cat
3. 对当前目录中的文件使用./ex.R表示法
4. 我将其更改为使用print(x)

然后：

edd@rob:~$ echo AAA | ./ex.R
[1] "AAA"
edd@rob:~$

Answer 2

我通常在终端应用程序（BASH shell）中使用R。我只用Rscript做过一些实验，但包括＃！这行代码允许脚本在R中运行，同时允许使用RScript生成可执行文件。我必须使用chmod在测试文件上设置可执行标志。您对write（）的调用应在R或RScript中将相同的输出打印到控制台，但是，如果要将输出保存到文件中，请调用sink（“ fileName”）打开连接，并调用sink（）将其关闭。通常，这使我可以控制输出及其呈现方式。如果我将脚本命名为“ myScript.rs”并使其可执行（chmod u + x myScript.rs），则可以输入./myScript.rs之类的代码来运行它并在OS X或Linux上获取输出。代替管道您可以尝试重定向>或>>来创建或追加。