R软件包DMRMark中的未配对数据

Question

我正在尝试使用R包DMRMark查找差异甲基化的区域。我的数据是控件和案例之间的未配对数据，因此我返回到《 DMRMark参考手册》中的示例以确保已执行步骤。在下面的代码中，前5行直接来自手册。

我试图将'reformData'函数的输出用作'DMRMark'函数的输入，但是我尝试了3种方法，但出现错误。我希望第一个选项可以正常工作，但它会给出错误，即我的数据中包含“ NA”。 ReformData函数会创建“ NA”，因此错误特别令人惊讶。

对我在这里做错的事情有何想法？

# The case with One more sample from Tumour group
# The second Tumour sample is the extra one
mv2 <- matrix(1:25,5)
mv2[,2] <- mv2[,2] + 5
patient <- factor(c(1,3,1:3))
type = c(rep("Normal",2),rep("Tumour",3))
pd <- model.matrix(~patient + type + 0)
exmpl = reformData(mv2, pd)
L = c(300,2578,608,362,48)
set.seed(13)
starting = 1 
par <- DMRMark(exmpl, L, starting)
par <- DMRMark(exmpl, L, starting, pd = pd)
par <- DMRMark(mv2, L, starting, pd = pd)